结论：侵犯著作权罪当事人删除微信聊天记录后，公诉机关仍有可能将其作为证据使用，但能否采信取决于聊天记录的恢复情况、证据的真实性、合法性及关联性等因素。
分析说明：
证据的恢复与提取：
- 在司法实践中，即使当事人删除了微信聊天记录，公诉机关或侦查机关仍可能通过技术手段恢复这些数据。现代科技使得数据恢复成为可能，尤其是当聊天记录存储在云端或手机存储介质中时。
- 如果聊天记录能够被成功恢复，并且内容清晰、完整，那么这些记录就有可能成为公诉机关指控犯罪的重要证据。
证据的真实性、合法性与关联性：
- 真实性：恢复的聊天记录必须真实反映案件事实，不能经过篡改或伪造。公诉机关需要证明聊天记录的真实性，这通常通过技术鉴定、证人证言等方式实现。
- 合法性：聊天记录的收集、提取和恢复过程必须符合法律规定，不能侵犯当事人的合法权益。例如，侦查机关在提取聊天记录时需要遵循法定程序，如获得搜查令、扣押令等。
- 关联性：聊天记录必须与案件事实具有关联性，即能够证明当事人实施了侵犯著作权的行为。如果聊天记录与案件无关，那么即使其真实合法，也不能作为定罪的依据。
其他证据的佐证：
- 在刑事案件中，单一证据往往难以证明案件事实。因此，公诉机关通常会收集多种证据来佐证聊天记录的真实性、合法性和关联性。例如，公诉机关可能会收集当事人的供述、证人证言、物证、书证等其他证据来形成完整的证据链。
法律建议：
- 当事人角度：如果当事人担心自己的微信聊天记录可能被作为证据使用，应当谨慎处理自己的聊天记录，避免发送与犯罪行为相关的信息。同时，当事人也有权对公诉机关提取的聊天记录提出异议，并要求进行技术鉴定或申请排除非法证据。
- 公诉机关角度：公诉机关在收集、提取和恢复聊天记录时，应当严格遵守法律规定，确保证据的真实性、合法性和关联性。同时，公诉机关也应当注重收集其他证据来佐证聊天记录的真实性，以形成完整的证据链。
可能后果：
- 如果聊天记录被成功恢复并作为证据使用，且能够证明当事人实施了侵犯著作权的行为，那么当事人可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。
- 如果聊天记录无法被恢复或无法证明当事人的犯罪行为，或者聊天记录的收集、提取和恢复过程存在违法行为，那么这些聊天记录可能不会被采信作为定罪的依据。