结论：公司一般不能直接扣妻子的款项来抵偿丈夫与公司之间的征地拆迁款纠纷，除非存在特定的法律情形或合同约定。以下从不同角度进行详细分析：

1. 债权债务关系的独立性：

   • 妻子借给开发公司的钱，与丈夫和公司之间的征地拆迁款纠纷，在法律上是两个独立的债权债务关系。除非有明确的法律规定或合同约定，否则一个债权债务关系不能直接用来抵偿另一个。
   • 例如，如果妻子和公司之间有借款合同，且合同中未约定该借款可用于抵偿丈夫与公司的其他债务，那么公司无权单方面扣款。

2. 合同相对性原则：

   • 根据合同法的原则，合同具有相对性，即合同只对合同双方具有约束力。妻子和公司之间的借款合同，只约束妻子和公司，与丈夫无关。
   • 因此，公司不能基于丈夫与公司的征地拆迁款纠纷，来扣减妻子根据借款合同应得的款项。

3. 可能的例外情形：

   • 法律特别规定：如果存在法律特别规定，允许在特定情况下扣减或抵偿债务，那么公司可能有权扣款。但这种情况通常非常特殊，且需要严格的法律条件。
   • 合同约定：如果妻子和公司在借款合同中明确约定，该借款可用于抵偿丈夫与公司的其他债务，或者丈夫和公司之间有类似的约定，并且妻子同意或知晓该约定，那么公司可能有权扣款。但这种情况需要明确的合同条款作为支持。
   • 夫妻共同债务：如果丈夫与公司的征地拆迁款纠纷被认定为夫妻共同债务（这通常需要法院的判决或夫妻双方的共同认可），并且妻子同意用其借款来抵偿该债务，那么公司可能有权扣款。但这种情况同样需要严格的法律条件和证据支持。

4. 法律建议：

   • 如果公司试图扣减妻子的款项，妻子应首先查看借款合同和相关法律规定，确认公司是否有权扣款。
   • 如果公司无权扣款，妻子可以与公司协商解决，或者通过法律途径（如起诉或申请仲裁）来维护自己的合法权益。
   • 在处理此类纠纷时，建议妻子咨询专业律师，以获取更具体和个性化的法律建议。

可能法律后果：

• 如果公司未经妻子同意或无法律依据扣款，妻子有权要求公司返还被扣款项，并可能要求公司承担违约责任或赔偿损失。
• 如果妻子和公司之间的纠纷无法协商解决，可能需要通过法律途径来解决，这可能会涉及诉讼费用、时间成本等。

如有任何进一步疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。