核心结论：多开店被罚5万，通常涉及行政处罚，处理方式需结合具体违法情形、处罚依据及自身情况综合判断，以下分情况说明：

1. 先确认处罚的合法性

• 查看处罚依据：要求市场监管部门（如工商局）出具《行政处罚决定书》，明确处罚依据（如《市场主体登记管理条例》第43条“未经登记从事经营活动”或《电子商务法》第75条“未依法办理市场主体登记”）。若处罚依据错误或程序违法（如未听证、未告知救济权利），可申请行政复议或提起行政诉讼。
• 核实罚款金额：根据《行政处罚法》，罚款需与违法行为情节、社会危害程度相当。若认为5万罚款过高（如实际违法所得远低于此），可申请复议或诉讼要求减免。

2. 根据违法情形选择处理方式

• 情形一：未办理营业执照擅自经营
  若因未登记多开店被罚，需立即补办营业执照（如个体工商户或公司登记），并缴纳罚款。若已停止经营，可与监管部门协商减免罚款（如主动整改、无违法所得）。
• 情形二：超出经营范围经营
  若店铺已登记但超出核准范围（如无食品经营许可证卖食品），需先补办相关许可，再申请复议或诉讼，强调“已整改”或“情节轻微”争取减免。
• 情形三：利用多店规避税收或监管
  若涉及偷税漏税、虚假宣传等更严重违法（如通过多店转移利润逃避纳税），除接受罚款外，还需补缴税款、滞纳金，甚至可能面临刑事责任（如逃税罪）。此时需主动配合调查，争取从轻处理。

3. 救济途径与实操建议

• 行政复议：自收到处罚决定书60日内，向上一级市场监管部门或本级政府申请复议，需提交书面申请书、处罚决定书、证据材料（如整改证明、违法所得说明）。
• 行政诉讼：若复议未果，可在6个月内向法院起诉，重点论证处罚依据错误、程序违法或金额不合理。诉讼期间罚款可暂缓缴纳（需申请）。
• 协商和解：主动联系监管部门，说明困难（如经济压力、初犯等），争取分期缴纳或减免。部分地区对小微企业有“首违不罚”或“轻违不罚”政策。

4. 后续合规建议

• 规范登记：多开店需依法办理营业执照，根据业务类型选择个体工商户、分公司或子公司形式。
• 税务合规：确保每家店独立核算、申报纳税，避免通过多店转移利润。
• 合同与资质：若涉及特殊行业（如教育、医疗），需办理相关许可，并在合同中明确主体信息，避免连带责任。

提示：行政处罚记录可能影响企业信用（如列入“经营异常名录”），建议优先通过复议或诉讼纠正错误处罚，再处理合规问题。若有具体处罚文书或经营细节，可进一步分析处理方案。