在非法经营案件中，检察院计算涉案金额和利润时，通常会综合考虑多个因素，但主要关注的是非法经营行为的违法所得，而非单纯的毛利或纯利润。不过，就您提出的具体问题而言，可以明确以下几点：

1. 涉案金额的计算：

   • 检察院在计算非法经营的涉案金额时，一般会以实际交易金额为准，即您提到的25万。这是衡量非法经营行为规模的重要指标，也是定罪量刑的关键因素之一。

2. 违法所得的计算：

   • 违法所得通常指的是非法经营行为所获得的全部收入，扣除直接用于经营活动的合理支出后的余额。在您的情况下，虽然提到了毛利4万和纯利润2万，但检察院在计算违法所得时，可能会更全面地考虑所有相关成本和费用，而不仅仅是您所列举的这些。
   • 计算公式（若仅考虑您提供的毛利和纯利润数据，且假设这些数据已准确反映了所有相关成本和费用）：
     • 违法所得（简化计算）= 毛利 - 相关税费及合理支出（若纯利润已扣除这些费用，则违法所得≈纯利润，但实际中需详细审查）
     • 在您给出的数据中，若纯利润2万已准确反映了扣除所有相关成本和费用后的余额，则违法所得可近似看作2万（但需注意，这只是一个简化计算，实际中检察院会进行更详细的审查）。

3. 检察院的考量因素：

   • 除了涉案金额和违法所得外，检察院还会考虑非法经营行为的性质、情节、社会危害程度以及被告人的认罪态度、悔罪表现等因素，来综合确定量刑建议。

4. 法律建议：

   • 鉴于非法经营案件的复杂性，我建议您尽快咨询专业律师，以便更详细地了解您的案件情况，包括涉案金额的具体计算方式、违法所得的认定标准以及可能的法律后果等。
   • 律师将能够根据您的具体情况，提供有针对性的法律建议和辩护策略，帮助您更好地应对检察院的指控。

最后，需要强调的是，每个非法经营案件都有其独特的事实和法律情况，因此检察院的计算方式和最终量刑建议也会因案而异。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。