结论：即使案件已经过了追诉期，对于犯罪分子的违法所得，仍然应当依法予以追缴。这是法律明确规定的责任，旨在维护法律的公正性和权威性，确保被害人的合法权益得到保护，同时防止犯罪分子因时效问题而逃避对违法所得的制裁。

一、法律依据

1. 《中华人民共和国刑法》第六十四条明确规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。这一条款为追缴违法所得提供了明确的法律依据，且该责任独立于刑事追诉，不受追诉时效的限制。
2. 《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条规定，虽然犯罪已过追诉时效期限的不追究刑事责任，但追缴违法所得作为另一种法律责任，并不受此限制。这意味着，即使犯罪嫌疑人的刑事责任因追诉时效而免除，其违法所得仍应依法被追缴。

二、追缴范围

追缴的范围广泛，包括但不限于：

• 犯罪分子通过犯罪手段直接获得的财物及其产生的收益；
• 被害人的合法财产，这部分财产在追缴后应及时返还给被害人；
• 违禁品和供犯罪所用的本人财物，这些应予以没收。

三、追缴方式及程序

1. 侦查机关追缴：

   • 公安机关、人民检察院等侦查机关在发现犯罪线索后，即便案件已过追诉时效，若掌握明确的违法所得线索和证据，仍可启动调查程序，对违法所得进行追缴。
   • 他们有权采取查询、冻结、扣押等多种措施，确保违法所得不被转移、隐匿或挥霍。

2. 人民法院判决追缴：

   • 若案件进入审判阶段，法院在审理过程中查明存在违法所得，即使犯罪行为已过追诉时效，也会在判决中明确作出追缴决定。
   • 判决生效后，由法院执行部门负责具体的追缴工作，包括强制扣划被执行人银行存款、拍卖被执行人名下的财产等。

3. 责令退赔：

   • 在违法所得无法直接追回的情况下，司法机关可责令犯罪分子用其合法财产进行退赔，以弥补被害人的损失。
   • 这是一种补充性的追缴方式，旨在最大程度保障被害人的合法权益。

4. 特殊程序：

   • 针对贪污贿赂犯罪、恐怖活动犯罪等重大犯罪案件，若犯罪嫌疑人、被告人逃匿或死亡，并满足特定条件（如通缉一年后不能到案），可启动违法所得没收程序。
   • 该程序由人民检察院向人民法院提出没收违法所得的申请，由犯罪地或嫌疑人居住地的中级人民法院审理。

四、实际操作中的考虑因素

虽然追缴违法所得不受追诉时效限制，但随着时间推移，确实可能面临证据灭失、违法所得去向难以查明、犯罪分子经济状况变化等挑战。然而，司法机关仍会依法尽力开展工作，通过多种手段和方法查找、追回违法所得，以维护法律的严肃性和社会公正。

五、后续处理

• 追缴回的违法所得，属于被害人的合法财产应及时返还。
• 其他财物原则上应予以没收，并上缴国库，以确保不被犯罪分子利用。

总结与建议：

无论案件是否已过追诉期，对于犯罪分子的违法所得，法律均规定了明确的追缴程序和方式。这既体现了对被害人权益的保护，也彰显了法律的严肃性和公正性。如果您或您身边的人遇到类似问题，建议及时向司法机关报案，并提供相关线索和证据，以便司法机关依法开展追缴工作。同时，如果您对追缴程序或相关法律问题有任何疑问，也可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。