小区内违建的认定主要由城乡规划主管部门、城市管理综合行政执法部门（城管执法局）以及乡（镇）人民政府负责，具体取决于违建所在的地域和具体情况。以下是对这一问题的详细分析：
城市规划区内的小区：
- 城乡规划主管部门：根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，对于未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的行为，城乡规划主管部门有权进行调查、认定和处置。这意味着，如果小区位于城市规划区内，且违建行为涉及未取得或未按规划许可证建设，那么城乡规划主管部门将是主要的认定部门。
- 城市管理综合行政执法部门（城管执法局）：在许多地区，城管执法部门也承担了部分或全部城乡规划执法的职能。它们有权对小区内的违法建筑进行现场检查、制止违法行为，并依法作出行政处罚决定，包括认定违建并责令拆除等。
乡、村庄规划区内的小区：
- 乡、镇人民政府：根据《中华人民共和国城乡规划法》的规定，在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府负责查处。因此，如果小区位于乡、村庄规划区内，那么乡、镇人民政府将是违建认定的主要部门。
在实际操作中，处理小区内违建问题通常遵循以下流程：
- 初步沟通协商：发现违建行为后，建议先与邻居或物业进行沟通协商，尝试通过和解方式解决。
- 向相关部门举报：若协商无果，应向当地的城市管理综合行政执法部门或城乡规划主管部门（根据小区所在区域及具体情况选择）进行举报，并提供详细的证据材料，如照片、视频等。
- 配合调查处理：在相关部门进行调查处理过程中，应积极配合，提供必要的信息和支持，如提供违建的具体位置、建设时间等。
- 关注处理结果：对处理结果进行跟踪关注，确保违建行为得到妥善解决。如果违建被认定并需要拆除，应确保拆除过程符合法律法规的规定，避免造成不必要的损失。
此外，作为业主或相关利益方，在处理小区内违建问题时还应注意以下几点：
- 了解法律法规：熟悉《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，明确违建的定义和处罚措施，以便在发现违建行为时能够及时采取行动。
- 积极举报违建：发现违建行为时，应及时向相关部门举报，并提供详细的证据材料。举报时，应确保所提供的信息真实可靠，避免误报或谎报。
- 配合相关部门工作：在相关部门进行调查处理过程中，应积极配合其工作，提供必要的信息和支持。同时，也应尊重相关部门的处理决定，避免采取过激行为或干扰执法。
如果您在处理小区内违建问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。