针对因不可抗力因素导致土地承包合同不能履行时，承包方已支付的承包费如何处理的问题，核心结论需结合不可抗力的影响程度、合同约定及法律规定综合判断，具体处理方式如下：

1. 合同有明确约定时，按约定处理

若土地承包合同中已对不可抗力情形（如自然灾害、政府征收、疫情等）下的费用处理作出约定（如“因不可抗力导致合同无法履行，承包费按实际使用期限折算退还”），则双方应优先按合同条款执行。
法律依据：根据《民法典》第590条，当事人一方因不可抗力不能履行合同的，根据不可抗力的影响，部分或全部免除责任，但法律另有规定的除外。合同有约定的，从其约定。

2. 合同无约定时，分情况处理

若合同未约定不可抗力的后果，需根据不可抗力对合同履行的影响程度，结合公平原则和法律规定处理：

• 合同部分无法履行（如部分土地因灾害无法使用）：
  承包方已支付的承包费可按实际未使用期限折算退还。例如，合同期限为10年，已使用2年，因不可抗力导致剩余8年无法使用，则剩余8年的费用应退还。
  法律依据：《民法典》第533条，合同成立后，因不可抗力导致继续履行对一方明显不公平的，受影响方可与对方协商变更或解除合同；协商不成的，可请求法院或仲裁机构变更或解除。

• 合同完全无法履行（如土地被政府征收、全部损毁）：
  合同可解除，承包方已支付的未使用期限的承包费应全额退还。若因不可抗力导致合同解除，双方均无需承担违约责任，但发包方可能需赔偿承包方因合同解除产生的实际损失（如已投入的改良费用，需根据过错分担）。
  法律依据：《民法典》第563条，因不可抗力致使不能实现合同目的，当事人可解除合同；第566条，合同解除后，尚未履行的，终止履行；已经履行的，根据履行情况和合同性质，可请求恢复原状或采取其他补救措施。

3. 发包方与承包方需承担的义务

• 通知义务：受不可抗力影响的一方应及时通知对方，并在合理期限内提供证明（如灾害公告、政府文件）。
  
• 减损义务：双方均应采取合理措施减少损失（如发包方协助承包方转移设备、承包方及时止损），否则可能对扩大损失承担责任。
  

4. 实务建议

• 保留证据：承包方应保存不可抗力发生的证明（如气象报告、政府通知）、合同文本、付款凭证等，以备主张权利。
  
• 协商优先：双方可先协商调整承包期限、费用或解除合同，避免诉讼成本。
  
• 诉讼/仲裁：若协商不成，可依据合同约定或法律规定，向法院起诉或申请仲裁，要求退还费用或赔偿损失。
  

总结：不可抗力导致合同不能履行时，承包费的处理需以合同约定为先，无约定时按实际影响程度折算退还或解除合同。具体操作需结合证据和法律规定，建议根据实际情况进一步沟通细节。