结论：在农村土地确权过程中，不能仅因另一个儿子不在一个户口本上就不给他分配土地，是否分配土地应依据具体的法律规定和实际情况来判断。

分析说明：

1. 土地确权的基本原则：

   • 土地确权是基于农村土地的实际使用情况和相关法律规定进行的，旨在明确土地的所有权和使用权。
   • 在确权过程中，应遵循公平、公正、公开的原则，确保每个家庭成员的合法权益得到保障。

2. 户口本与土地分配的关系：

   • 户口本虽然是确定家庭成员身份和户籍关系的重要依据，但并不是决定土地分配的唯一因素。
   • 在农村土地分配中，更注重的是家庭成员对土地的实际使用和贡献，以及是否符合土地分配的相关政策规定。

3. 可能涉及的法律条款：

   • 根据《中华人民共和国农村土地承包法》等相关法律规定，农村土地承包经营权应依法确认给承包方，承包方包括以家庭承包方式取得农村土地承包经营权的农户。
   • 在土地确权过程中，应确保每个符合条件的家庭成员都能享受到相应的土地权益。

4. 实际操作中的考虑因素：

   • 如果另一个儿子虽然不在一个户口本上，但长期在农村居住并实际使用土地，且符合土地分配的相关政策规定，那么他应有权获得相应的土地份额。
   • 反之，如果另一个儿子已经迁出农村，不再实际使用土地，或者不符合土地分配的相关政策规定，那么他可能无法获得土地份额。但这并不是仅仅基于户口本上的分离来决定的。

法律建议：

• 在进行土地确权时，应充分了解并遵循相关法律法规和政策规定，确保土地分配的公平性和合法性。
• 如果家庭成员之间对土地分配存在争议，可以通过协商、调解或诉讼等方式解决。在此过程中，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。

后续行动与可能后果：

• 如果家庭成员之间能够达成一致意见，可以按照协商结果进行土地分配，并办理相关的确权手续。
• 如果无法达成一致意见，可能需要通过法律途径解决争议。在此过程中，应保留好相关证据，如土地使用证明、户籍证明等，以便在诉讼中维护自己的合法权益。

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