若您有合法建设手续但被认定为违建，可按以下步骤处理：
核实认定依据与程序合法性
首先要求相关部门出具书面认定文件，明确指出您的建筑违反了哪部法律法规（如《城乡规划法》第64条）、具体条款及事实依据。同时核查认定程序是否合法，例如是否经过现场勘查、是否听取您的陈述申辩、是否送达《责令限期拆除决定书》等。若程序违法（如未告知听证权利），可据此提出异议。
审查手续完整性
确认您的建设手续是否齐全且有效，例如：
- 规划许可证、施工许可证等是否在有效期内；
- 是否按许可内容建设（如面积、层高、用途等）；
- 若涉及改扩建，是否补办了变更手续。
若手续存在瑕疵（如未及时延期），可补充材料说明原因并申请补正；若完全合法，则可据此主张认定错误。
区分“违建”类型与处理方式
- 可改正的违建：若建筑仅因局部超标（如超出面积5%以内）被认定为违建，且不影响规划实施，可申请补办手续或缴纳罚款后保留建筑。
- 必须拆除的违建：若建筑严重违反规划（如占用耕地、公共绿地）或存在安全隐患，可能面临强制拆除。此时需重点审查拆除程序是否合法（如是否给予合理搬迁期限、是否保障财产安全）。
行政复议或诉讼救济
若对认定结果不服，可在收到决定书之日起60日内申请行政复议，或6个月内直接提起行政诉讼。诉讼中可主张：
- 认定事实错误（如手续合法、未超规划）；
- 适用法律错误（如误用旧法）；
- 程序违法（如未听证、未送达）。
案例参考：某业主因规划调整被认定为违建，法院最终以“规划变更非业主过错”为由撤销拆除决定。
协商与证据固定
在行政程序或诉讼期间，建议：
- 保留所有建设手续原件及复印件；
- 对建筑现状拍照、录像，固定证据；
- 与相关部门沟通时留存书面记录（如邮件、短信）；
- 避免自行拆除或改动建筑，以免被认定为“自愿拆除”而丧失救济权利。
温馨提示：违建认定涉及地方性法规和具体规划，处理方式可能因地区而异。若需进一步分析，可提供具体手续内容、认定文件及建筑情况，我将为您定制解决方案。