在第二条待转车道绿灯时违规掉头，通常会被处以罚款并扣分，具体处罚依据掉头行为是否违反交通标志标线或信号灯指示而定。以下分情况详细说明：

1. 若掉头行为违反禁止标志或标线
   若第二条待转车道处明确设有“禁止掉头”标志或地面标线（如黄色实线），此时绿灯掉头属于“违反禁止标志标线”行为。根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》第十二条第四项，此类行为通常会被处以罚款200元、记1分。

2. 若掉头行为违反信号灯指示
   若第二条待转车道的绿灯为直行或左转信号灯，而掉头需单独信号灯控制（如掉头专用灯为红灯），此时掉头属于“闯红灯”行为。根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》第十条第八项，此类行为通常会被处以罚款200元、记6分。

3. 若掉头行为未影响其他车辆通行且无明确禁止标志
   若第二条待转车道无禁止掉头标志，且掉头时未妨碍对向车辆正常行驶（如确保安全距离、无行人通过），部分地区可能仅作警告处理。但需注意，“无禁止标志即可掉头”并非绝对原则，若因掉头引发事故，仍可能承担主要责任。

建议：

• 驾驶前观察车道标线及信号灯类型，确认是否允许掉头；
  
• 若对掉头规则存疑，可提前查询当地交管部门发布的《道路通行规定》；
  
• 发生处罚后，若对处罚依据有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
  

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