结论：车贷办理5年，还款两年以上结清是否有违约金，主要取决于贷款合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。若合同中有明确约定且该约定不违反法律法规，则收取违约金是合法的；若合同中没有约定或约定违反法律法规，则收取违约金不合法。
合同约定角度
合同中有明确约定：
- 在车贷合同中，如果双方明确约定了提前还款需要支付违约金，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么当借款人选择提前还款时，贷款机构有权按照合同约定收取违约金。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。
合同中没有约定或约定不明确：
- 如果车贷合同中没有明确约定提前还款需要支付违约金，或者约定不明确，那么贷款机构在借款人提前还款时收取违约金就缺乏合同依据，可能被视为不合法。
- 建议：在这种情况下，借款人可以与贷款机构协商，要求免除或减少违约金。如果协商不成，借款人可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
法律法规角度
法律法规的强制性规定：
- 即使车贷合同中有关于提前还款违约金的约定，但如果该约定违反了法律法规的强制性规定（如违约金过高、显失公平等），那么该约定也可能被认定为无效。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同效力的规定，违反法律、行政法规的强制性规定的合同无效。同时，如果合同中的违约金条款显失公平，受损害方也有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
相关司法解释和指导意见：
- 在实践中，法院或仲裁机构在审理类似案件时，会综合考虑合同约定、法律法规以及公平原则等因素，来判定提前还款违约金的合法性。
- 建议：如果借款人认为贷款机构收取的违约金过高或不合法，可以咨询专业律师，了解相关法律法规和司法解释，以便更好地维护自己的合法权益。
实际操作建议
仔细阅读合同条款：
- 在办理车贷时，借款人应仔细阅读合同条款，特别是关于提前还款和违约金的约定。确保自己了解并同意合同中的所有内容。
与贷款机构协商：
- 如果借款人打算提前还款并担心违约金问题，可以与贷款机构进行协商。尝试达成一个双方都能接受的解决方案。
寻求法律援助：
- 如果借款人与贷款机构在违约金问题上无法达成一致，或者认为贷款机构的行为违反了法律法规，可以寻求法律援助或向相关部门投诉。
总结：车贷办理5年，还款两年以上结清是否有违约金，主要取决于贷款合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。借款人在办理车贷时应仔细阅读合同条款，了解提前还款和违约金的相关规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。