查询小产权房开发主体是否合法，核心在于核查其是否具备合法的开发资质及审批手续，可通过以下途径进行核实：

1. 核查开发主体的工商登记信息
   首先，可通过国家企业信用信息公示系统或当地市场监督管理局官网，查询开发主体的营业执照信息，确认其是否为合法注册的企业，经营范围是否包含房地产开发相关内容。若开发主体为村委会或集体经济组织，需核实其是否具备集体土地开发权限，并确认开发行为是否经过村民会议或村民代表会议的合法决议。

2. 审查土地使用性质及审批手续
   小产权房的开发通常涉及集体建设用地或农用地，需重点核查：

   • 土地性质是否为集体建设用地（可通过当地国土资源部门或规划部门查询土地规划用途）；
     
   • 开发主体是否取得《集体土地使用证》或《乡村建设规划许可证》；
     
   • 若涉及农用地转用，是否依法办理了农用地转用审批手续（需省级或国家级国土部门批准）。
     若开发主体未取得合法土地手续，其开发行为即属违法。

3. 核实建设规划许可及施工许可
   合法开发需取得《建设工程规划许可证》及《建筑工程施工许可证》，可通过当地规划部门或住建部门官网查询相关许可信息。若开发主体未取得上述许可，或实际建设与许可内容不符（如超面积、超层数建设），则开发行为违法。

4. 调查销售环节的合法性
   小产权房通常无法取得《商品房预售许可证》，若开发主体以“销售”名义转让房屋，需警惕其是否涉及非法转让集体土地使用权或违反城乡规划法规。可通过当地房管部门查询项目是否备案，或要求开发主体出示相关销售许可文件。

5. 咨询当地政府部门或法律专业人士
   若自行查询存在困难，可向当地国土资源局、规划局、住建局或乡镇政府咨询项目合法性，或委托律师协助调查开发主体的资质及手续。律师可通过申请政府信息公开、调取档案等方式，全面核查开发主体的合法性。

风险提示：小产权房因土地性质及开发手续问题，通常无法取得合法产权证书，购买后可能面临拆迁补偿风险、交易无效风险及行政处罚风险。建议谨慎购买，并优先选择具有合法手续的商品房。若已涉及小产权房纠纷，可进一步向我咨询具体法律问题。