核心结论：车辆停在小区内被树砸坏门窗，您可以通过以下步骤处理：
固定证据并报警
首先，立即对现场进行拍照、录像，记录车辆受损部位、树木状态（如是否有枯枝、病虫害痕迹）及周围环境（如停车位置是否合规、是否有警示标识）。同时拨打110报警，由警方出具《事故认定书》或《出警记录》，明确事故时间、地点及初步原因，为后续索赔提供依据。
确定责任主体
根据《民法典》第1257条，因林木折断、倾倒造成他人损害，林木的所有人或管理人不能证明自己无过错的，应当承担侵权责任。具体责任主体需结合小区管理情况判断：
- 若树木由物业公司管理：需核查物业公司是否定期修剪、检查树木健康状况。若未尽到管理义务（如未及时处理枯树、病树），物业公司需承担主要赔偿责任。
- 若树木属业主共有或市政管辖：需进一步确认管理责任归属。例如，部分老旧小区树木可能由街道办管理，此时需向市政部门主张权利。
- 特殊情形：如因台风、地震等不可抗力导致树木倾倒，责任可能部分免除，但需结合当地气象证明及树木管理情况综合判断。
联系保险公司理赔
若车辆投保了车损险（含“自然灾害”或“外界物体坠落”责任），可向保险公司报案。需注意：
- 保险公司可能要求提供事故证明、维修清单及发票等材料；
- 若保险公司以“未及时报案”或“责任归属争议”拒赔，您可主张依据《保险法》第22条，要求其履行核定义务，或通过诉讼解决；
- 若物业公司已赔偿部分损失，保险公司可能主张“代位求偿权”，即向物业公司追偿，您需配合提供相关证据。
协商或诉讼解决
- 协商：优先与物业公司或责任方协商赔偿金额及方式，可要求其承担车辆维修费、交通费等合理损失；
- 诉讼：若协商无果，可向法院起诉责任方，需准备证据材料（如现场照片、维修发票、事故认定书等）。根据《民法典》第1184条，可主张按实际损失赔偿，包括直接损失（维修费）和间接损失（如因车辆维修产生的替代交通费用）。
温馨提示：处理过程中需注意时效性，例如保险理赔通常需在事故发生后48小时内报案，诉讼时效为3年。若对责任认定或赔偿金额有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体证据为您分析维权路径。