在非法集资案件中，即使非法集资的款项已全部退还，犯罪金额的计算仍需依据法律规定和具体案情综合判断。以下是关键分析：

1. 犯罪金额的认定原则
   根据《刑法》及相关司法解释，非法集资的犯罪金额通常以实际吸收的资金总额为准，而非以未退还部分计算。即使资金已全部退还，仍需以集资时吸收的金额作为犯罪基数。例如：若行为人通过虚假项目吸收资金1000万元，即使后续全额退还，犯罪金额仍认定为1000万元。

2. 退还行为对量刑的影响
   全额退还虽不影响犯罪金额的认定，但属于重要的量刑情节。根据《关于审理非法集资刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第八条，案发前后已退还的金额可作为从轻或减轻处罚的依据。例如：若行为人主动退还全部集资款，可能被认定为“认罪态度好”“社会危害性降低”，从而在量刑时获得从宽处理。

3. 特殊情形下的金额调整

   • 重复计算排除：若集资款中存在同一资金被多次计入（如“借新还旧”），需扣除重复部分，以实际吸收的净额计算。
     
   • 利息与本金区分：若行为人已支付高额利息或回报，部分司法实践可能将已支付的利息从犯罪金额中扣除（但需结合具体案情和地方司法政策）。
     
   • 共同犯罪中的分摊：在共同犯罪中，犯罪金额可能按各行为人的参与程度分摊。例如：主犯需对全部金额负责，从犯可能仅对其参与部分负责。

4. 实务建议

   • 保留退还证据：全额退还时，务必通过银行转账、书面协议等方式固定证据，以证明退还事实。
     
   • 主动配合调查：案发后主动退还并配合侦查，可能被认定为“自首”或“立功”，进一步争取从宽处理。
     
   • 咨询专业律师：犯罪金额的认定涉及复杂法律规则，需结合具体证据和司法实践综合判断，建议及时委托律师介入。

总结：非法集资已全部退还的，犯罪金额仍以实际吸收的资金总额计算，但退还行为可作为量刑从宽的依据。具体案件中，需结合资金流向、主观故意、社会危害性等因素综合认定。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案情。