加班工资按照最低工资标准计算是否合法，需分情况讨论：

1. 若劳动合同或集体合同中明确约定加班工资计算基数，且该基数不低于当地最低工资标准，则合法
   根据《工资支付暂行规定》第十三条，加班工资计算基数应按劳动合同约定的劳动者本人工资标准确定。若合同中已明确约定基数（如基本工资、岗位工资等），且该基数≥当地最低工资标准，则用人单位按此基数计算加班工资符合法律规定。
   例如：某地最低工资为2000元/月，合同约定加班基数为2500元/月，则按2500元计算加班工资合法。

2. 若劳动合同未约定加班工资计算基数，或约定不明确，则需分情况判断

   • 情况一：用人单位直接以最低工资标准作为加班基数，但实际工资高于最低工资
     根据《劳动合同法》第十八条及司法实践，若劳动者实际工资（如应发工资、税前工资）高于最低工资，而用人单位单方面以最低工资为基数计算加班费，属于违法行为。此时应以劳动者实际工资（扣除非加班工资部分）作为计算基数。
     例如：劳动者月工资为5000元，用人单位以2000元最低工资为基数计算加班费，则劳动者可主张按5000元补足差额。

   • 情况二：劳动者实际工资等于或低于最低工资标准
     若劳动者月工资≤当地最低工资标准（如试用期工资、部分非全日制用工），则用人单位以最低工资为基数计算加班费合法，但需确保劳动者月总收入（含加班费）不低于最低工资标准。
     例如：某地最低工资为2000元/月，劳动者月工资为2000元（含基本工资1800元+绩效200元），若加班10小时，则加班费应按2000元为基数计算，且月总收入需≥2000元。

3. 特殊情形：地方性法规对加班基数有更高要求
   部分地区（如上海、北京）通过地方性法规明确，加班工资计算基数不得低于劳动者本人月工资的70%或合同约定工资。若地方规定高于国家标准，则以地方规定为准。
   例如：上海市规定，加班基数按劳动者上月工资（不含非常规性奖金）的70%确定，若该基数低于劳动合同约定工资，则按约定工资计算。

建议：

• 劳动者可先核查劳动合同是否约定加班基数，并保留工资条、考勤记录等证据；
  
• 若用人单位违法计算加班费，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  
• 用人单位应完善合同条款，避免因基数约定不明引发纠纷。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律适用问题。