贷款已结清但存在逾期记录的情况下，逾期记录的处理方式主要取决于逾期记录是否已上传至征信系统，以及逾期情节的严重程度。以下是具体分析：

1. 逾期记录未上传至征信系统
   若逾期发生在贷款结清前，但尚未被农村信用社上报至中国人民银行征信中心，则用户可主动联系信用社，说明贷款已结清的情况，并请求其不上报逾期记录。根据《征信业管理条例》第十六条，征信机构对个人不良信息的保存期限为自不良行为终止之日起5年，超过5年的应当予以删除。若信用社同意不上报，则逾期记录不会进入征信系统，对用户信用无影响。

2. 逾期记录已上传至征信系统
   若逾期记录已被上传，则用户需通过以下方式处理：

   • 等待自动消除：根据《征信业管理条例》，逾期记录自结清之日起5年后自动删除。在此期间，用户需保持其他贷款或信用卡的按时还款，避免新增不良记录。
     
   • 提出异议申请：若用户认为逾期记录存在错误（如非本人原因导致逾期），可向信用社或征信中心提出异议申请，要求更正记录。根据《征信业管理条例》第二十五条，征信机构或信息提供者应在收到异议之日起20日内核查并处理，确认错误的应予以删除或更正。
     
   • 出具非恶意逾期证明：若逾期因特殊原因（如突发疾病、自然灾害等）导致，用户可要求信用社出具非恶意逾期证明，以降低逾期记录对后续贷款或信用卡申请的影响。

3. 逾期情节严重时的处理
   若逾期涉及恶意拖欠、诈骗等违法行为，即使贷款已结清，信用社仍可能保留追究法律责任的权利。此时，用户需积极配合信用社或司法机关的调查，并主动协商解决方案（如分期偿还剩余欠款、支付违约金等），以减轻法律后果。

建议：用户可先通过中国人民银行征信中心官网或线下网点查询个人征信报告，确认逾期记录是否已上传及具体内容。若存在疑问或需进一步处理，可直接向我咨询，我将结合具体情节提供法律意见。