中学生互殴立案并不意味着双方都会留下案底，是否留有案底取决于案件的具体处理结果和法律规定。以下从不同角度进行分析：
案件处理结果的影响：
- 行政处罚：如果中学生互殴行为被认定为违反治安管理，且情节较轻，可能会受到行政处罚，如警告、罚款或行政拘留（但针对未成年人，行政拘留通常不会执行）。这种情况下，如果仅受到警告或罚款，一般不会留下案底；但如果被处以行政拘留（尽管不执行），理论上会留下相关记录，但这一记录通常不会对未来产生严重影响，且不会公开。
- 刑事处罚：如果互殴行为构成犯罪，如故意伤害罪，且经法院判决有罪，那么就会留下刑事案底，即犯罪记录。这将对个人的未来产生较大影响，包括就业、升学等方面。然而，对于未成年人犯罪，法律有特别规定，如犯罪记录封存制度，旨在保护未成年人的隐私和未来发展。
法律对未成年人的特殊保护：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关规定，对于犯罪时不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的未成年人，其犯罪记录应当予以封存。这意味着，除非特定情况下（如再次犯罪、涉及国家安全等），否则这些犯罪记录不会被公开或用于影响未成年人的未来。
实际案例与操作：
- 在实际操作中，对于中学生互殴这类案件，警方和法院通常会考虑未成年人的身心特点和成长需要，尽量采取教育、挽救为主的方针。因此，即使立案，也不一定会导致双方都留下案底。
- 如果双方能够达成和解，或者互殴行为情节轻微，警方可能会选择调解处理，而不进行正式的行政处罚或刑事立案。
建议：
- 对于中学生及其家长而言，应重视校园安全，避免发生互殴等违法行为。
- 如果发生互殴事件，应积极配合警方和学校的调查处理，尽量通过和解等方式解决纠纷，以减少对双方未来的影响。
- 如果担心可能留下案底或面临法律处罚，建议及时咨询专业律师，了解具体法律情况和应对策略。
总之，中学生互殴立案并不必然导致双方都留下案底，具体结果取决于案件的处理结果和法律规定。如有任何法律疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。