侵占公司车辆使用权属于违法行为，公司可通过协商、内部处理、民事诉讼或刑事控告等方式解决，具体处理方式需结合侵占行为的性质和后果判断。以下是详细分析：

一、侵占公司车辆使用权的法律定性

1. 民事侵权
   若员工未经公司许可，擅自使用、出借或处置公司车辆，可能构成《民法典》中的“无权处分”或“侵权行为”。公司有权要求返还车辆、赔偿损失（如车辆折旧、维修费用、误工损失等）。

2. 职务侵占或挪用资金（刑事风险）
   若员工利用职务便利，将车辆据为己有或用于私人目的，且数额较大（通常6万元以上），可能涉嫌《刑法》第271条职务侵占罪或第272条挪用资金罪。公司可向公安机关报案，追究刑事责任。

二、公司可采取的处理措施

1. 协商与内部处理

   • 协商解决：优先与员工沟通，要求其立即返还车辆并赔偿损失。
     
   • 内部纪律处分：根据公司规章制度（如员工手册），给予警告、扣薪、解雇等处分。
     
   • 证据固定：保存车辆使用记录、监控录像、员工承认侵占的书面或录音证据，为后续法律行动做准备。

2. 民事诉讼

   • 起诉返还原物：依据《民法典》第235条，公司可向法院起诉，要求员工返还车辆并赔偿损失。
     
   • 申请财产保全：若担心车辆被转移或损毁，可申请法院查封、扣押车辆。

3. 刑事控告

   • 报案条件：若侵占行为涉嫌犯罪（如职务侵占），公司可向公安机关报案，提交证据材料（如车辆价值评估、侵占时间、用途等）。
     
   • 刑事附带民事诉讼：在刑事案件中，公司可同时提起附带民事诉讼，要求赔偿经济损失。

三、特殊情形处理

1. 车辆已转让或抵押
   若员工将车辆非法转让或抵押给第三方，公司可主张转让行为无效（因无权处分），并要求第三方返还车辆。若第三方善意取得，公司可向员工追偿。

2. 车辆损坏或灭失
   若车辆因员工使用不当导致损坏或灭失，公司可要求其赔偿维修费用或车辆残值。若员工拒不赔偿，可通过民事诉讼强制执行。

四、预防措施建议

1. 完善公司制度

   • 明确车辆使用权限、审批流程和违规责任，要求员工签署《车辆使用承诺书》。
     
   • 定期审计车辆使用记录，安装GPS定位设备，监控车辆行踪。

2. 加强员工培训

   • 定期开展法律合规培训，强调侵占公司财产的严重后果（包括民事赔偿和刑事责任）。

3. 及时处理违规行为

   • 发现侵占行为后，立即启动调查程序，固定证据，避免证据灭失或车辆被转移。

若您遇到具体案件或需要进一步帮助，可直接向我咨询，我会结合案件细节提供针对性建议。