关于休息日加班如何调休才合法的问题，这确实是一个涉及劳动法规定和双方权益的重要议题。以下是我为您详细梳理的合法调休的相关要点：
一、工时制度对调休的影响
标准工时制：
- 在标准工时制下，休息日加班是允许通过调休来替代加班费的。这意味着，如果您在周末或法定节假日前的休息日加班，用人单位可以安排您在其他时间补休，以抵消这次加班。
- 但需要注意的是，工作日加班和法定休假日加班则不能通过调休来替代，必须支付相应的加班费。工作日加班需支付不低于工资的150%作为加班费，而法定休假日加班则需支付不低于工资的300%作为加班费。
综合计算工时制：
- 在综合计算工时制下，调休的情况相对复杂。如果在一个综合计算周期内，您的总实际工作时间未超过法定标准，那么超出的部分应视为延长工作时间，并支付加班费，此时不存在单独的调休问题。
- 如果在法定休假日工作，则必须支付不低于工资的300%作为加班费，不能用调休来替代。
不定时工时制：
- 在不定时工时制下，一般不执行加班工资规定，因此也不存在加班调休的问题。但需要注意的是，部分地区（如上海）对法定休假日加班有特别规定，需按当地法律执行。
二、双方约定的作用
- 根据《劳动法》的相关规定，如果用人单位与劳动者在劳动合同或相关协议中明确约定了加班可以换算为调休，并且这种换算方式不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法是合法的。
- 因此，在签订劳动合同时，建议您与用人单位明确约定加班和调休的相关事宜，包括适用哪种工时制度、加班费的支付方式、调休的具体安排等，以避免后续纠纷。
三、法规限制
- 法定节假日：无论何种工时制度，用人单位都不能安排调休来替代法定节假日的加班费。这是劳动法的明确规定，旨在保障劳动者的合法权益。
- 加班时间限制：即使双方有约定，也不能违反《劳动法》中关于加班时间的限制性规定。例如，劳动者每日加班时间一般不得超过一小时，特殊情况下不得超过三小时，每月加班时间不得超过三十六小时。这是为了保护劳动者的身心健康和合法权益。
四、实际操作建议
- 明确约定：在签订劳动合同时，务必与用人单位明确约定加班和调休的相关事宜，确保双方权益得到保障。
- 保留证据：在加班和调休过程中，建议您保留好相关证据，如加班记录、调休通知等，以备不时之需。
- 及时沟通：如果与用人单位在加班和调休问题上存在分歧或争议，建议您及时与用人单位沟通协商，寻求合理解决方案。
综上所述，休息日加班如何调休才合法，需综合考虑工时制度、双方约定及法规限制等多个因素。在实际操作中，建议您与用人单位明确约定相关事宜，并严格遵守相关法律法规的规定，以确保加班和调休的合理安排和合法性。