结论：即使双方在协议中写明“劳动关系期间的权利义务已处理完毕，无其他劳动争议”，劳动者在特定情况下仍然可以申请仲裁确认劳动关系。

分析说明：

1. 协议内容的相对性：

   • 双方签订的协议，虽然写明了“劳动关系期间的权利义务已处理完毕，无其他劳动争议”，但这并不意味着劳动者在所有情况下都不能再就劳动关系提出仲裁或诉讼。这种协议内容主要针对的是双方已经明确并处理完毕的权利义务，对于未明确或新出现的问题，该协议并不具有绝对的约束力。

2. 确认劳动关系的独立性：

   • 确认劳动关系是劳动者的一项基本权利，它并不完全依赖于双方之前的协议或约定。即使双方已经就某些劳动争议达成了和解或协议，但如果劳动者对劳动关系的存在、性质或期限等有疑问或争议，仍然可以通过仲裁或诉讼的方式寻求确认。

3. 可能存在的例外情况：

   • 如果劳动者能够提供充分的证据证明，在签订协议时存在欺诈、胁迫或乘人之危等情形，导致协议内容并非其真实意思表示，那么该协议可能被认定为无效或可撤销。在这种情况下，劳动者当然可以就劳动关系提出仲裁或诉讼。
   • 另外，如果双方在协议中明确排除了确认劳动关系的权利，但这种排除违反了法律法规的强制性规定或公序良俗，那么该排除条款也可能被认定为无效。

4. 实际操作中的建议：

   • 对于劳动者而言，如果希望确认劳动关系，即使双方已经签订了相关协议，也可以向劳动争议仲裁委员会提出申请。在申请时，需要提供充分的证据证明劳动关系的存在，如劳动合同、工资单、工作证等。
   • 对于用人单位而言，如果希望避免类似的争议，可以在签订协议时更加谨慎地考虑协议内容，确保协议内容明确、具体且不违反法律法规的强制性规定。同时，也可以考虑在协议中明确约定双方对劳动关系的确认无异议，以减少未来的争议风险。

行动建议：

• 如果你作为劳动者，对劳动关系的存在、性质或期限等有疑问或争议，即使双方已经签订了相关协议，也可以向劳动争议仲裁委员会提出确认劳动关系的申请。
• 在申请前，建议收集并整理好相关证据，如劳动合同、工资单、工作证等，以支持你的主张。
• 如果你作为用人单位，希望避免类似的争议，建议在签订协议时咨询专业律师的意见，确保协议内容合法、有效且明确无误。

法律后果：

• 如果劳动争议仲裁委员会认定劳动关系存在，那么用人单位可能需要承担相应的法律责任，如支付工资、经济补偿等。
• 如果劳动争议仲裁委员会认定劳动关系不存在或双方对劳动关系无争议，那么劳动者的申请可能会被驳回。但无论如何，这都不会影响劳动者在未来就其他劳动争议提出仲裁或诉讼的权利。