关于以房抵工程款协议约定管辖的效力问题，结论如下：
协议管辖的基本原则：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条（原第三十四条，经修订后条款序号可能有所变化，但内容精神一致）的规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
- 这意味着，在以房抵工程款协议中，双方当事人有权通过书面形式约定管辖法院，只要该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，即具有法律效力。
以房抵工程款协议的特殊性：
- 以房抵工程款协议本质上是一种债务清偿方式，即债务人（通常是建设单位或开发商）以房屋所有权转移给债权人（通常是施工单位或承包商）的方式，来抵销其应支付的工程款。
- 尽管这种协议涉及房屋所有权的转移，但其核心仍然是债务清偿，因此并不改变原合同（如建设工程施工合同）的性质和管辖约定。如果原合同中已有管辖约定，且该约定不违反法律规定，那么以房抵工程款协议中的管辖约定通常应与原合同保持一致，或者双方可以重新协商约定。
约定管辖的效力认定：
- 有效情形：如果以房抵工程款协议中的管辖约定符合上述法律规定，即双方书面约定、选择与争议有实际联系的地点的人民法院、不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么该约定是有效的，对双方当事人具有约束力。
- 无效情形：如果管辖约定违反了级别管辖或专属管辖的规定，或者约定不明确、无法确定管辖法院，那么该约定可能是无效的。在这种情况下，应依据法律规定确定管辖法院，如被告住所地或合同履行地等。
实践中的注意事项：
- 明确约定：双方在签订以房抵工程款协议时，应明确约定管辖法院，避免使用模糊或不确定的表述。
- 审查原合同：如果原合同中已有管辖约定，双方应审查该约定是否仍然适用，或者是否需要重新协商约定。
- 考虑实际联系：在选择管辖法院时，应考虑与争议有实际联系的地点，如房屋所在地、合同履行地等，以确保管辖约定的合法性和有效性。
法律建议：
- 在签订以房抵工程款协议时，建议双方明确约定管辖法院，并确保该约定符合法律规定。
- 如果对管辖约定有疑问或不确定，建议咨询专业律师，以避免潜在的法律风险。
- 在发生争议时，如果双方对管辖法院有争议，应及时向有管辖权的人民法院提起诉讼，并提交相关证据证明管辖约定的合法性和有效性。
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