关于您提出的企业电子印章申请流程以及电子印章是否合法的问题，我将为您详细解答如下：
一、企业电子印章申请流程
准备申请材料：
- 依法批准设立或者登记的证件、文书，如营业执照、组织机构代码证等；
- 若有上级或主管部门，需出具上级或主管部门的介绍信；若无，则提供法定代表人、经营者或主要负责人的委托授权书；
- 提供经办人有效身份证件原件、复印件及联系方式；
- 若申请制作具有法律效力的个人名章，还需提供本人有效身份证件、单位介绍信、委托授权书；
- 如需制作包含外文或少数民族文字的电子印章，需提供经本单位或机构确认的翻译文本。
选择印章制作单位：
- 电子印章应由经公安机关许可的公章制作单位制作，确保印章的合法性和安全性。
提交申请并等待审核：
- 将准备好的申请材料提交给选定的印章制作单位；
- 印章制作单位会对申请材料进行审核，确认无误后开始制作电子印章。
领取电子印章：
- 制作完成后，印章制作单位会通知您领取电子印章；
- 领取时，印章制作单位会向您出具《电子印章制作证书》，作为电子印章合法性的证明。
二、电子印章的合法性
电子印章是电子数据表现形式的公章和具有法律效力的个人名章，其合法性主要基于以下几点：
法律法规支持：
- 电子印章的制作、使用和管理需遵循国家相关法律法规的规定，如《中华人民共和国电子签名法》等，这些法律法规为电子印章的合法性提供了法律保障。
公安机关许可：
- 电子印章由经公安机关许可的公章制作单位制作，确保印章的制作过程符合国家规定，从而保障其合法性。
备案制度：
- 电子印章制作完成后，印章制作单位需在24小时以内将规定的信息向公安机关备案，这一制度有助于监管电子印章的使用情况，进一步保障其合法性。
安全存储与管理：
- 电子印章应存储于符合国家密码管理要求的专用设备中，并严格保管，防止被非法获取或使用，从而确保其安全性和合法性。
综上所述，企业电子印章的申请流程是清晰且规范的，同时电子印章在法律法规的支持下、公安机关的许可下、备案制度的监管下以及安全存储与管理的保障下，是具有合法性的。因此，您可以放心地申请和使用电子印章。