若在集体诉讼中指定了代理人，但后续发现案件被错误地处理为个人诉讼，可采取以下措施：

1. 立即与法院沟通确认
   首先，应尽快联系受理案件的法院，确认诉讼程序是否确实存在错误。例如，法院可能因程序疏漏未将案件列为集体诉讼，或未将其他原告纳入诉讼程序。此时需明确要求法院核实案件性质，并要求纠正程序错误。

2. 审查代理协议与授权范围
   需仔细审查与代理人签订的委托协议，确认代理权限是否涵盖集体诉讼的全部事项。若代理人未按照约定推进集体诉讼程序（如未提交集体诉讼申请、未通知其他原告参与等），可能构成违约。此时可要求代理人立即补正程序，或根据协议追究其责任。

3. 补充提交集体诉讼申请材料
   若法院确认程序错误，需尽快补充提交集体诉讼所需的材料，包括但不限于：

   • 其他原告的授权委托书；
     
   • 集体诉讼成员名单及联系方式；
     
   • 证明存在共同法律或事实问题的证据（如相同侵权行为、相同合同条款等）。
     通过补充材料推动法院将案件转为集体诉讼程序。

4. 考虑更换代理人或追加代理权限
   若原代理人无法胜任集体诉讼代理工作，可与其协商解除委托关系，并重新委托熟悉集体诉讼程序的律师。若仅需扩大代理权限，可签订补充协议明确代理人有权代表所有原告参与诉讼。

5. 向司法行政机关或律师协会投诉（如适用）
   若代理人存在故意隐瞒、误导或严重失职行为（如私自将集体诉讼拆分为个人诉讼以获取更多代理费），可向当地司法行政机关或律师协会投诉，要求对代理人进行纪律处分。

预防措施建议：

• 在委托代理时，明确约定诉讼程序为集体诉讼，并在协议中列明代理人需履行的具体义务（如通知其他原告、提交集体诉讼申请等）；
  
• 定期与代理人沟通案件进展，要求其提供法院受理通知书、传票等文件副本，及时确认诉讼程序是否符合约定；
  
• 保留与其他原告的沟通记录（如微信群聊、邮件等），证明存在集体诉讼的共同意愿。

若您已遇到此类情况，可进一步向我提供案件细节（如法院名称、案件阶段、代理协议内容等），我将协助您分析具体应对方案。