结论：在农田打深井是否违法，需根据具体情况判断，主要包括是否取得合法审批手续、是否改变土地用途以及是否符合当地规划等因素。以下是对这些因素的详细分析：
合法审批手续：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，任何单位和个人进行非农业建设占用土地，或者对土地进行开发利用（包括打井等），都需要依法取得相应的审批手续。
- 如果在农田打深井是为了农业灌溉等农业用途，且已经取得了当地农业、水利等相关部门的合法审批，那么这种行为通常是合法的。
- 若未取得合法审批手续，则可能构成违法用地行为，面临相应的法律责任。
土地用途改变：
- 农田是用于农业生产的土地，如果打深井的行为导致农田被非农业用途占用，如用于工业、商业或住宅等，这就改变了土地用途，是违法的。
- 即使打深井本身不直接改变土地用途，但如果其作为某个非农业项目的一部分，且该项目未获得合法审批，那么打深井的行为也可能被视为违法。
当地规划与政策：
- 不同地区对农田的保护和利用有不同的规划和政策。在一些地区，可能出于保护水资源、生态环境或农业可持续发展的考虑，对农田打井有严格的限制或禁止。
- 因此，在决定在农田打深井前，应了解并遵守当地的规划和政策。
法律建议：
- 在决定在农田打深井前，务必咨询当地农业、水利、国土等相关部门，了解是否需要办理审批手续以及具体的审批流程。
- 确保打深井的行为符合当地的土地利用规划和政策，避免改变土地用途或违反相关规定。
- 如果打深井是为了非农业用途，或者作为某个非农业项目的一部分，应特别谨慎，并寻求专业法律意见，以确保行为的合法性。
可能法律后果：
- 如果未经合法审批在农田打深井，可能面临责令停止违法行为、限期拆除或恢复原状、罚款等行政处罚。
- 在严重情况下，如果构成犯罪（如非法占用农用地罪），还可能面临刑事责任。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。