农村自建房没有房本，依然可以进行司法鉴定，但可能会面临一些程序上的复杂性和证据要求上的挑战。具体分析如下：

1. 司法鉴定的本质与目的
   司法鉴定是司法机关或当事人委托具有专业资质的机构，对专门性问题进行检验、鉴别和判断的活动。其核心目的是为案件事实认定提供科学依据，而非直接确认房屋权属。因此，房本（产权证书）并非司法鉴定的绝对前提，但可能影响鉴定内容的范围和证明力。

2. 无房本对司法鉴定的影响

   • 鉴定内容受限：若鉴定目的涉及房屋权属（如确认所有权、分割财产），房本是关键权属证明。无房本时，鉴定机构可能无法直接认定权属，但可对房屋结构、质量、建造时间、面积等事实问题进行鉴定。
     
   • 证据链补充要求：无房本时，需通过其他证据（如建房审批文件、土地使用证、村委会证明、邻居证言、施工合同、付款凭证等）佐证房屋的合法性及归属，形成完整证据链，以支持鉴定结论的采信。

3. 无房本时司法鉴定的可行性路径

   • 明确鉴定目的：若鉴定目的为房屋质量、损坏原因、修复方案等非权属问题，房本缺失不影响鉴定启动。例如，房屋因相邻施工受损，需鉴定损坏原因及修复费用，此时房本非必需。
     
   • 提供替代证据：通过建房审批手续（如《乡村建设规划许可证》）、土地权属证明（如《集体土地使用证》）、村委会出具的建房证明等，证明房屋的合法建造及归属，为鉴定提供基础事实依据。
     
   • 法院委托鉴定的优势：若案件进入诉讼程序，法院委托的司法鉴定更具权威性。法院可依据当事人提交的证据（包括无房本时的替代证据）决定是否启动鉴定，并明确鉴定范围。

4. 风险提示与建议

   • 权属争议风险：无房本可能导致房屋权属不明，若鉴定涉及权属分配（如离婚财产分割、继承纠纷），可能因证据不足被法院驳回或需先行确权诉讼。
     
   • 证据固定建议：在申请鉴定前，尽可能收集建房相关证据（如审批文件、付款记录、施工照片等），并咨询律师协助梳理证据链，提高鉴定结论的采信率。
     
   • 行政程序补救：若房屋符合补办房本条件（如符合规划、无权属争议），可先通过行政程序申请确权，再启动司法鉴定，以简化后续程序。

总结：农村自建房无房本不影响司法鉴定的启动，但需根据鉴定目的调整策略，通过替代证据证明房屋合法性及归属。建议根据具体纠纷类型（如质量纠纷、权属纠纷）咨询律师，制定针对性方案。