在法院案件尚未结束时对方提出反诉，法院会将其与本诉合并审理。以下是详细说明：

1. 合并审理的法律依据与原则
   根据《民事诉讼法》第143条，原告增加诉讼请求、被告提出反诉或第三人提出与本案有关的诉讼请求时，法院可以合并审理。这一规定旨在提高诉讼效率、避免矛盾裁判，并保障双方当事人的程序权利。合并审理的核心逻辑在于反诉与本诉存在法律上的牵连关系（如基于同一法律关系或事实），通过统一审理可全面查明事实、减少重复举证。

2. 反诉的受理条件
   反诉需满足以下条件才会被法院受理并合并审理：

   • 主体对应性：反诉的被告必须是本诉的原告，反诉的原告必须是本诉的被告（特殊情形下第三人也可提出反诉）；
     
   • 牵连性：反诉与本诉需基于同一法律关系、合同或事实（如买卖合同纠纷中，买方起诉卖方违约，卖方反诉买方未支付货款）；
     
   • 管辖权：反诉需属于受理本诉的法院管辖范围（若反诉属其他法院专属管辖，则需移送或另行起诉）；
     
   • 时效性：反诉需在本诉法庭辩论终结前提出（逾期提出可能被法院驳回，但对方同意的除外）。

3. 审理程序的具体操作

   • 立案阶段：被告提交反诉状后，法院会审查是否符合受理条件。若符合，会向反诉原告（即本诉被告）送达反诉状副本，并通知本诉原告（即反诉被告）答辩；
     
   • 庭审阶段：法院会将本诉与反诉合并开庭审理，双方需围绕两个诉的请求、事实和证据进行举证、质证和辩论。例如，本诉原告主张被告违约，反诉被告（即本诉原告）需同时应对反诉原告提出的支付货款请求；
     
   • 裁判阶段：法院会在一份判决书中对本诉和反诉的请求一并作出裁决。若本诉与反诉的请求存在冲突（如一方主张赔偿，另一方主张抵销），法院会综合全案事实和法律关系进行判断。

4. 对当事人的影响与应对建议

   • 对原告的影响：若对方提出反诉，原告需同时准备本诉和反诉的应诉材料，诉讼成本和复杂度可能增加。建议原告在收到反诉状后，及时分析反诉与本诉的关联性，调整诉讼策略（如是否承认反诉事实、是否提出抗辩或反证）；
     
   • 对被告的影响：提出反诉是被告主动行使诉讼权利的表现，但需确保反诉请求明确、证据充分。若反诉被驳回，被告可能需另行起诉，增加时间成本。建议被告在提出反诉前，与律师充分沟通反诉的合法性和可行性；
     
   • 共同注意事项：双方均需注意诉讼时效和举证期限。反诉提出后，法院可能重新指定举证期限，双方需在期限内提交证据，否则可能承担不利后果。

总结：对方在本诉未结束时提出反诉，法院会合并审理以提升效率。当事人需关注反诉的受理条件、审理程序及对自身权利的影响，必要时可委托律师协助制定诉讼策略。如有具体案件细节需要分析，可直接向我咨询。