撤诉后是否会有案底，主要取决于案件的性质、撤诉的阶段以及撤诉的具体原因。以下是对这一问题的详细分析：
不构成犯罪的撤诉
- 侦查阶段撤诉：在侦查过程中，如果公安机关或其他侦查机关发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，例如案件属于误会、所谓的“犯罪行为”实际并未发生，或者犯罪嫌疑人的行为情节显著轻微、危害不大且不认为是犯罪，那么应当撤销案件。在此情况下，由于未认定犯罪嫌疑人构成犯罪，因此不会留下案底。
- 审查起诉阶段撤诉：检察机关在审查起诉时，如果发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者存在《刑事诉讼法》第十六条规定的情形（如情节显著轻微、危害不大；犯罪已过追诉时效期限等），应作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，检察院也可作出不起诉决定。这两种不起诉决定均意味着犯罪嫌疑人不会被交付审判，因此不会有犯罪记录，即不会留下案底。但需注意，若是检察院作出的酌定不起诉决定，其不起诉决定书会存入个人档案，可能视为一种特殊记录，不过这并不等同于犯罪案底。
构成犯罪但特殊情况撤诉
- 在某些特定的自诉案件中，如果被害人与被告人达成和解协议，被害人主动撤回起诉，且犯罪事实确实存在，只是基于被害人的意愿而撤案，那么严格来说行为人的行为依然构成犯罪。但由于没有经过法院的有罪判决，从通常所理解的“案底”（即犯罪记录）角度，可能不会在官方的犯罪记录档案中留下记录。然而，司法机关处理案件过程中形成的相关材料可能会有留存。
检察院撤诉的具体情形与后果
- 因证据不足撤诉：在审判阶段，如果检察院因证据不足而撤诉，它可能会补充侦查后重新起诉。若最终未被法院判定有罪，则无案底；若后续补充证据并被法院判定有罪，则会留下案底。
- 其他正当理由撤诉：如情节轻微、犯罪嫌疑人有自首立功等法定从轻情节且检察院认为不需要判处刑罚而撤诉，通常不被认定有罪，无案底。但特殊情况下，如撤诉后发现新犯罪事实并再次被法院判定有罪，则会有案底。
其他注意事项
- 即使案件撤诉没有犯罪记录，但在案件办理过程中，如果发现有相关的行政违法行为并给予了行政处罚（如罚款、行政拘留等），则会留下行政处罚的记录。这种记录虽不同于犯罪案底，但也属于一种不良记录，可能对个人的未来产生一定影响。
- 撤诉并不意味着其行为完全不被追究法律责任。若后续发现新证据或符合起诉条件，检察院仍可再次提起诉讼。
总结与建议：撤诉后是否会有案底，需根据具体情况来判断。如果案件不构成犯罪或检察院作出不起诉决定，通常不会留下案底；但如果案件构成犯罪且因特定原因撤诉，或者检察院在审判阶段因证据不足撤诉后重新起诉并被判定有罪，则可能会留下案底。因此，在处理任何法律问题时，建议你直接向我咨询，以确保自身权益得到妥善保护。