债权人与债务人达成新的还款协议后，债权人可以通过向法院提交撤诉申请书的方式撤诉。具体操作和注意事项如下：

1. 撤诉流程：

   • 准备撤诉申请书：债权人需要撰写一份撤诉申请书，明确表达撤诉的意愿，并简要说明撤诉的原因（如双方已达成新的还款协议）。撤诉申请书应包含债权人和债务人的基本信息、案件的基本情况（如案号、案由等）、撤诉的具体请求以及撤诉的理由。
   • 提交撤诉申请书：债权人应将撤诉申请书提交至受理案件的法院，并附上相关证据材料（如新的还款协议），以证明双方已就还款事宜达成一致。
   • 法院审查与裁定：法院在收到撤诉申请书后，会进行审查。如果法院认为撤诉申请符合法律规定，且不损害国家、集体或第三人的利益，法院将裁定准许撤诉。

2. 撤诉后的法律效果：

   • 诉讼程序终结：一旦法院裁定准许撤诉，原诉讼程序即告终结。这意味着债权人不能再就同一事实和理由向法院提起诉讼，除非有新的证据或情况出现。
   • 还款协议的履行：撤诉后，债权人和债务人应按照新的还款协议履行各自的义务。如果债务人未按协议履行还款义务，债权人可以依据新的还款协议向法院提起诉讼或采取其他法律措施。

3. 注意事项：

   • 撤诉的自愿性：撤诉必须是债权人的真实意愿表示，不能存在欺诈、胁迫等情形。否则，撤诉可能被法院驳回或撤销。
   • 撤诉的时效性：债权人应在法律规定的期限内提出撤诉申请。如果超过法定期限或法院已作出判决，撤诉申请可能不会被受理。
   • 撤诉后的风险：撤诉后，如果债务人未履行新的还款协议，债权人需要重新收集证据并提起诉讼，这可能会增加债权人的维权成本和时间成本。因此，在撤诉前，债权人应充分评估债务人的履约能力和诚信度。

建议：在达成新的还款协议并决定撤诉前，债权人应仔细阅读协议条款，确保协议内容明确、合法且有效。如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以确保撤诉流程的顺利进行和自身权益的充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。