购房合同在交契税时被收走后，一般情况下是会归还给业主的。以下从不同角度为你详细分析：
契税缴纳流程与购房合同的关系
在办理契税缴纳手续时，税务部门通常需要审核购房合同等相关资料，以确认购房的真实性、购房价格以及购房者是否符合契税减免等优惠政策条件。因此，购房者需要将购房合同等原件提交给税务部门进行审核。但审核完毕后，税务部门应当将购房合同等原件归还给购房者，因为购房合同是购房者的重要法律文件，对于证明购房者的房屋所有权、办理房产证等后续手续具有至关重要的作用。
购房合同不归还的可能情况及应对
特殊情况下的留存：
- 在极少数特殊情况下，如税务部门认为购房合同存在疑点或需要进一步调查时，可能会暂时留存购房合同。但这种情况下，税务部门应当向购房者出具相关的留存证明，并明确告知留存的原因和期限。
- 如果购房合同被留存，购房者应当及时与税务部门沟通，了解留存的具体原因和期限，并按照要求配合税务部门的调查工作。在留存期限届满后，购房者有权要求税务部门归还购房合同。
购房合同丢失或损毁的风险：
- 虽然税务部门在审核完毕后应当归还购房合同，但购房者仍需注意保管好自己的购房合同，以防丢失或损毁。
- 如果购房合同不慎丢失或损毁，购房者应当及时联系开发商或相关部门，了解补办购房合同的流程和要求，并尽快补办新的购房合同。
法律建议与后续行动
保留相关证据：
- 在提交购房合同给税务部门时，购房者可以要求税务部门出具接收证明或收据，以证明购房合同已被税务部门接收。
- 如果购房合同被留存，购房者应当要求税务部门出具留存证明，并妥善保管该证明。
及时沟通与跟进：
- 如果购房合同在交契税后长时间未归还，购房者应当及时与税务部门沟通，了解购房合同的具体情况。
- 如果发现购房合同被不当留存或丢失，购房者可以向税务部门的上级部门或相关监管部门投诉，并寻求法律帮助。
注意后续手续办理：
- 购房者在取回购房合同后，应当及时办理房产证等相关手续，以确保自己的房屋所有权得到法律保护。
总结来说，购房合同在交契税时被收走后，一般情况下是会归还给业主的。但购房者仍需注意保管好自己的购房合同，并在必要时及时与税务部门沟通、跟进购房合同的归还情况。如果你在购房合同或契税缴纳方面遇到任何问题，可以直接向我咨询。