商事仲裁合同案件的程序主要包括以下几个步骤：
申请与受理：
- 申请：当合同双方发生争议时，一方或双方可根据合同中预先约定的仲裁条款，或者事后达成的书面仲裁协议，向选定的仲裁委员会提交仲裁申请。申请时需提交仲裁申请书，明确写明当事人的基本信息、仲裁请求及所依据的事实和理由、证据和证据来源等，并按照被申请人人数提交副本。同时，附上仲裁协议作为受理依据。
- 受理：仲裁委员会在收到仲裁申请书后五日内进行审查。若符合受理条件，将通知当事人受理并预交仲裁费用；若不符合，则书面通知不予受理并说明理由。
仲裁庭的组成：
- 选定仲裁员：仲裁委员会受理后，会向双方送达仲裁规则和仲裁员名册。当事人可约定由三名或一名仲裁员组成仲裁庭。若为三名，则各自选定或委托仲裁委员会主任指定一名，第三名（首席仲裁员）由双方共同选定或委托指定；若为一名，则由双方共同选定或委托指定。
- 仲裁员回避：若仲裁员与本案有利害关系，可能影响公正仲裁，当事人有权提出回避申请。回避决定由仲裁委员会主任或仲裁委员会集体作出。
开庭审理：
- 通知开庭：仲裁委员会在规定期限内通知开庭日期。当事人有正当理由可请求延期，由仲裁庭决定是否延期。
- 开庭形式：仲裁一般应开庭进行，但当事人也可协议不开庭，仅根据书面材料作出裁决。仲裁原则上不公开，但当事人可协议公开（涉及国家秘密的除外）。
- 庭审过程：包括庭审调查（核对身份、宣布仲裁庭组成、告知权利义务、询问回避申请、庭审调查等）、质证与辩论（对证据进行质证，对案件事实和法律适用进行辩论）、最后陈述（辩论终结时，征询当事人最后意见）。
和解、调解与裁决：
- 和解：当事人可自行和解，达成和解协议的，可请求仲裁庭根据协议作出裁决书或撤回仲裁申请。和解协议反悔后，可根据仲裁协议再次申请仲裁。
- 调解（非必经程序）：仲裁庭在裁决前可先行调解。当事人自愿调解的，仲裁庭应调解。调解达成协议，制作调解书或裁决书；调解不成，及时作出裁决。调解书与裁决书具有同等法律效力。
- 裁决：仲裁庭根据事实和法律作出裁决，按照多数仲裁员意见作出，少数意见记入笔录。不能形成多数意见时，按首席仲裁员意见作出。裁决书自作出之日起发生法律效力，应写明仲裁请求、争议事实、裁决理由、结果、费用负担和日期。当事人可协议不写争议事实和裁决理由。
执行：
- 仲裁裁决生效后，当事人应履行裁决。一方不履行，另一方可向人民法院申请执行。若被申请人提出证据证明裁决有《民事诉讼法》规定的不予执行情形之一，经人民法院审查核实，可裁定不予执行。
在商事仲裁合同案件中，有几个关键点需要注意：
- 仲裁协议的重要性：仲裁协议是仲裁程序启动的前提，没有仲裁协议，仲裁委员会将不予受理仲裁申请。因此，在签订合同时，双方应明确约定仲裁条款，以便在发生争议时能够迅速、有效地通过仲裁解决。
- 仲裁庭的组成：仲裁庭的组成方式直接影响仲裁的公正性和效率。当事人应认真选定仲裁员，确保仲裁员具有专业知识和经验，能够公正、客观地审理案件。
- 仲裁程序的灵活性：与诉讼程序相比，仲裁程序更加灵活。当事人可以协议不开庭、不公开审理，甚至可以约定仲裁规则。这种灵活性有助于当事人根据自身需求定制仲裁程序，提高争议解决的效率。
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