结论：签订了婚内财产协议后，后期继承父亲的房产是否有效，这主要取决于婚内财产协议的具体内容以及继承房产的相关法律规定。以下从不同角度进行分析：
一、婚内财产协议的内容与效力
协议内容：婚内财产协议是夫妻双方在婚姻关系存续期间，就各自或共同财产的归属、管理、使用、收益及处分等事项达成的书面协议。如果协议中明确约定了继承所得财产的归属，那么该约定对双方具有法律约束力。
协议效力：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻双方可以约定婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产归各自所有、共同所有或者部分各自所有、部分共同所有。约定应当采用书面形式。夫妻对婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产的约定，对双方具有法律约束力。因此，如果婚内财产协议中明确约定了继承所得房产的归属，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该约定是有效的。
二、继承房产的相关法律规定
继承权：根据《中华人民共和国民法典》继承编的规定，继承从被继承人死亡时开始。继承开始后，按照法定继承办理；有遗嘱的，按照遗嘱继承或者遗赠办理；有遗赠扶养协议的，按照协议办理。因此，继承房产的归属首先取决于被继承人的遗嘱或遗赠扶养协议，如果没有这些，则按照法定继承办理。
房产归属：如果继承发生时，被继承人没有留下遗嘱或遗赠扶养协议，且婚内财产协议中也没有对继承所得房产的归属作出明确约定，那么该房产将按照法定继承的规定，由继承人共同继承。在这种情况下，婚内财产协议对继承房产的归属没有直接影响。
三、特殊情况下的处理
遗嘱或遗赠扶养协议与婚内财产协议的冲突：如果被继承人留下了遗嘱或遗赠扶养协议，且其中指定的继承人或受遗赠人与婚内财产协议中的约定不一致，那么需要依据具体情况进行判断。一般来说，遗嘱或遗赠扶养协议的效力优先于婚内财产协议，但这也取决于遗嘱或遗赠扶养协议的具体内容以及是否违反了法律、行政法规的强制性规定或公序良俗。
婚内财产协议的变更或撤销：如果夫妻双方在继承发生前对婚内财产协议进行了变更或撤销，且该变更或撤销符合法律规定的条件，那么新的协议或撤销行为将对继承房产的归属产生影响。
建议与提醒
明确协议内容：为了避免未来可能出现的纠纷，建议在签订婚内财产协议时，明确约定继承所得财产的归属问题。
咨询专业律师：由于法律问题具有复杂性和专业性，如果涉及到大额财产或复杂的家庭关系，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
及时更新协议：如果家庭情况或财产状况发生变化，建议及时更新婚内财产协议以确保其符合当前的实际情况和法律要求。
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