针对您提出的“对无证经营的个体小门诊拒不停业怎么处罚”的问题，这涉及到多个法律法规的综合应用。以下是我为您提供的详细解答：
首先，无证经营个体小门诊的行为明显违反了《无证无照经营查处办法》的相关规定。根据该办法，任何单位或个人不得违反法律、法规、国务院决定的规定，从事无证无照经营。对于无证经营的个体小门诊，查处部门（通常是工商行政管理部门或相关行业主管部门）有权依照相关法律、法规的规定予以处罚。
具体处罚措施可能包括：
责令停止相关经营活动：查处部门有权要求无证经营的个体小门诊立即停止营业，以防止其继续违法经营。
没收违法所得：对于无证经营期间所获得的收入，查处部门有权予以没收。
罚款：根据违法情节的严重程度，查处部门可以对无证经营的个体小门诊处以一定数额的罚款。罚款的具体数额会根据相关法律法规的规定以及违法行为的实际情况来确定。
查封、扣押相关物品：对于涉嫌用于无证经营的工具、设备、原材料、产品（商品）等物品，查处部门有权予以查封、扣押。
记入信用记录并公示：无证无照经营的行为还会被记入信用记录，并依照相关法律、法规的规定予以公示，这将对个体小门诊的声誉和未来发展产生不良影响。
此外，如果无证经营的个体小门诊还涉及违反公共场所卫生管理规定的行为，如未依法取得公共场所卫生许可证擅自营业等，那么根据《公共场所卫生管理条例实施细则》的相关规定，卫生健康行政部门也有权对其进行处罚，包括责令限期改正、给予警告、罚款等措施。在情节严重的情况下，还可以依法责令停业整顿，直至吊销卫生许可证。
综合建议：
立即停业：无证经营的个体小门诊应立即停止营业，以避免进一步的法律风险和处罚。
配合调查：积极配合相关部门的调查工作，如实提供有关情况和资料。
依法办理证照：如果具备办理证照的法定条件且有继续经营意愿的，应尽快依法办理相应证照，以合法合规地开展经营活动。
寻求法律帮助：在处理此类问题时，如果感到困惑或不确定如何操作，建议寻求专业法律人士的帮助和指导。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。