货车通行证申请过程中因违规被罚款，一般情况下不能直接撤销，但存在特定情形时可依法申请撤销或减免。具体分析如下：

1. 罚款的合法性审查
   若罚款系因违反《道路交通安全法》《城市道路管理条例》等法规（如超载、闯禁行区、未按规定路线行驶等），且执法部门已依法履行告知、听证等程序，则罚款具有法律效力，通常不可随意撤销。此时需通过行政复议或行政诉讼主张权利，但需提供充分证据证明执法程序违法或事实认定错误。

2. 可申请撤销的例外情形

   • 证据不足：若罚款依据的监控记录、现场笔录等存在瑕疵（如车牌识别错误、时间地点矛盾），可申请复议或诉讼要求撤销。
     
   • 程序违法：如执法人员未出示证件、未告知权利、未听取陈述申辩等，可主张程序违法请求撤销。
     
   • 特殊原因：若违规行为系因紧急避险、救助危难等法定事由导致，可提供证明材料申请减免或撤销处罚。

3. 与通行证申请的关联性
   罚款本身不影响通行证申请资格，但若因违规行为被列入“黑名单”或信用惩戒名单，可能间接导致申请被拒。此时需先处理罚款事宜（如缴纳罚款、申请复议），再向发证机关说明情况并提交整改证明。

建议行动步骤：

1. 核实罚款决定书中的违法事实、法律依据及处罚程序；
   
2. 若对处罚有异议，在收到决定书60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼；
   
3. 同时联系发证机关，说明罚款处理进度及整改措施，询问是否需补充材料。
   

如有进一步细节（如罚款原因、地区政策等），可提供更多信息以便针对性分析。