面对协议公司欠款并跑路的情况，作为债权人，您确实需要采取一系列合法且有效的措施来维护自身权益。以下是我为您整理的详细建议：
一、确保债权证据确凿
- 收集合同文件：首先，您需要找到与该公司签订的原始合同或协议，确保其中详细列明了双方的权利和义务，特别是关于欠款金额、还款期限等关键条款。
- 保留交易凭证：包括发票、收据、转账记录等，这些都能证明您与该公司之间的交易行为以及欠款事实。
- 整理沟通记录：如果您与公司有过关于欠款的沟通，如邮件、短信、微信聊天记录或通话录音等，这些也是重要的证据，务必妥善保存。
二、尝试协商解决
在采取法律手段前，您可以尝试通过电话、邮件或其他方式与公司或其相关负责人沟通，表达您的诉求，并给予一定的宽限期，看是否能达成和解。虽然公司已经跑路，但有时通过其紧急联系人或关联方仍可能取得联系。
三、法律途径维权
提起诉讼：
- 确定管辖法院：根据《中华人民共和国民事诉讼法》，您通常可以向债务人住所地或合同履行地（如您所在地）的法院提起诉讼。
- 准备诉讼材料：包括起诉状，详细列明原被告信息、诉讼请求及事实与理由；以及证据清单，整理好所有相关证据。
- 立案与审理：提交诉讼材料至法院立案窗口，法院将安排开庭审理。即使公司下落不明，法院也可通过公告送达方式通知其开庭，并最终可能作出缺席判决。
申请支付令：
- 如果债权债务关系明确、合法，且公司未提出异议，您可以向有管辖权的基层人民法院提出申请，法院将发出支付令，要求公司在规定期限内偿还欠款。若公司不履行且不提出异议，您可申请强制执行。
申请财产保全：
- 在提起诉讼的同时或之后，您可以向法院申请财产保全，对公司的财产进行查封、冻结等，以防止其转移财产，确保判决可执行。
追加股东责任：
- 如果股东滥用公司法人独立地位和有限责任，逃避债务，您可以通过诉讼将股东列为共同被告，要求其承担连带责任。
四、特殊情境下的处理
公司失踪或注销：
- 如果公司已经失踪满两年或已注销，您可以向人民法院申请宣告公司为失踪人或申请对公司进行清算，由代管人或清算组从公司财产中偿还债务。
涉及员工欠薪：
- 如果您是公司的员工，且公司欠薪跑路，您可以向劳动行政部门投诉，依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，要求公司支付劳动报酬、加班费或经济补偿。
五、寻求专业帮助
在整个追讨过程中，考虑聘请专业的律师或债务追讨机构，他们能提供更具针对性的建议和解决方案，提高追讨效率。
六、注意事项
- 在整个追讨过程中，务必遵守法律法规，不得使用非法手段。
- 保持冷静和理性，避免过激行为，以免给自己带来不必要的麻烦。
- 及时咨询专业人士，确保自身权益得到充分保护。
综上所述，面对协议公司欠款并跑路的情况，您应首先收集证据、明确债权，然后根据具体情况选择合适的法律途径进行维权。在整个过程中，保持冷静、理性，并寻求专业法律人士的帮助，将是您成功追回欠款的关键。