当遇到司机擅自把货拉跑的情况时，这确实是一个涉及多个法律主体和部门的复杂问题，但您别担心，我会一步步为您梳理清楚应对措施。
首先，立即报警并保留好所有证据：
报警：司机的这种行为很可能构成侵占罪或盗窃罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，侵占罪是指以非法占有为目的，将代为保管的他人财物非法占为己有，数额较大且拒不退还；而盗窃罪则是指盗窃公私财物，数额较大的行为。因此，您应立即向当地公安机关报案，让警方依法展开侦查，抓捕犯罪嫌疑人，并尽力追回货物。
保留证据：在报警的同时，您一定要妥善保存所有与货物运输相关的证据。这些证据包括但不限于货运合同、发货单、与司机的通信记录（如短信、微信聊天记录）、监控视频等。这些证据对于警方的调查以及后续可能的法律诉讼都至关重要，它们能帮助您证明货物的归属、运输过程以及司机的违约行为。
接下来，尝试与司机进行协商：
在报警并保留好证据后，如果条件允许，您可以尝试与司机进行冷静、理智的沟通。了解他擅自拉跑货物的原因，看看是否有可能通过协商解决纠纷。但请记住，协商一定要在不损害您合法权益的前提下进行，避免情绪化的冲突，以免事态进一步恶化。
如果协商无果，寻求专业法律帮助：
咨询律师：面对这种复杂的法律问题和潜在的诉讼风险，我建议您及时寻求专业律师的帮助。律师会根据您的具体情况提供针对性的法律建议，协助您分析案情，制定合适的维权策略，并代表您与各方进行沟通。
提起民事诉讼：如果无法通过协商解决问题，您可以在律师的协助下向人民法院提起民事诉讼。要求司机返还货物，并赔偿因货物丢失或损坏给您造成的经济损失。在诉讼过程中，律师会负责准备证据材料、撰写诉状，并参与庭审，为您争取最大的合法权益。
最后，涉及相关部门的处理：
交通运输管理部门：如果司机是从事经营性道路货物运输的，那么交通运输管理部门对他的运输行为具有监管职责。您可以向该部门举报司机的违规行为，要求其进行调查和处罚，如吊销营运资格证等。
人民法院的刑事审判：如果司机的行为构成犯罪，那么除了民事诉讼外，法院还将对刑事案件进行审理。在刑事审判过程中，您作为被害人可以参与诉讼，并有权要求法院对附带民事诉讼部分进行审理和裁决。
综上所述，面对司机擅自拉货跑掉的情况，您应立即报警、保留证据、尝试与司机协商，并在必要时寻求专业律师的帮助。通过综合运用法律手段，您可以最大程度地维护自身的合法权益，减少损失。同时，相关部门和法律的介入也将为您提供有力的支持和保障。希望这些建议能对您有所帮助。