在男方出轨、女方起诉离婚的情况下，女方能否获得两个孩子的抚养权，并没有一个绝对的答案，而是需要依据具体情况进行综合判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、法律原则与抚养权判定
最有利于未成年子女原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。
- 这意味着，在判定抚养权时，法院会优先考虑子女的身心健康和成长环境，而非单纯基于父母的过错或性别。
父母抚养条件与子女意愿：
- 法院会综合考虑父母的抚养条件，包括经济能力、居住环境、教育背景、与子女的感情联系等。
- 对于已满八周岁的子女，法院还会尊重其真实意愿，考虑其希望与哪一方共同生活。
二、男方出轨对抚养权判定的影响
过错因素：
- 男方出轨可能被视为对婚姻的不忠，但这并不直接决定抚养权的归属。法院更关注的是父母双方的抚养能力和子女的最佳利益。
- 然而，如果出轨行为对子女造成了负面影响，如导致子女心理创伤或家庭环境不稳定，这可能成为法院在判定抚养权时考虑的因素之一。
证据收集：
- 女方若想主张抚养权，应收集相关证据证明自己更适合抚养子女，如稳定的工作和收入、良好的居住环境、与子女的深厚感情等。
- 同时，也可以收集男方出轨的证据，以证明男方在道德和家庭责任方面的缺失，但这并非决定性因素。
三、实际操作中的建议
协商优先：
- 在起诉离婚前，双方可以尝试通过协商解决抚养权问题。如果能够达成一致意见，可以签订抚养协议并提交法院确认。
准备充分证据：
- 女方应准备充分的证据来支持自己的抚养权主张，包括经济能力证明、居住环境证明、与子女的感情联系证明等。
- 如果可能的话，还可以寻求专业心理咨询师的帮助，评估出轨行为对子女的影响，并出具相关报告作为证据。
寻求法律援助：
- 在离婚诉讼过程中，女方可以寻求专业律师的帮助，了解自己的权利和义务，以及如何更好地维护自己和子女的利益。
总结来说，女方在男方出轨的情况下起诉离婚，能否获得两个孩子的抚养权取决于多种因素的综合判断。法院会优先考虑子女的最佳利益，并综合考虑父母的抚养条件、子女的意愿以及出轨行为对子女的影响等因素。因此，女方应准备充分证据来支持自己的抚养权主张，并在必要时寻求专业律师的帮助。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。