结论：招标文件合同模板中有但实际合同中没有的条款，能否执行需分情况讨论，主要取决于该条款的性质、双方当事人的意思表示以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行详细分析：

1. 条款性质与重要性：

   • 如果该条款是合同的核心条款，如关于工程范围、建设工期、工程质量、工程造价等关键内容，且双方在签订实际合同时因疏忽或故意未将其纳入，那么该条款可能因构成合同的主要内容而被视为双方默认同意。在此情况下，若一方主张执行该条款，法院或仲裁机构可能会根据公平原则、交易习惯或行业惯例，结合招标文件合同模板中的相关内容，对合同进行补充解释或调整，以维护交易的公平性和合理性。
   • 如果该条款并非合同的核心条款，而是辅助性或说明性的内容，如某些技术细节、管理要求等，且双方在实际合同中未明确约定，那么该条款可能不会被直接执行。因为合同是双方意思表示一致的产物，未纳入实际合同的条款，通常不被视为双方共同认可的内容。

2. 双方当事人的意思表示：

   • 如果双方在签订实际合同时，明确表示同意按照招标文件合同模板中的条款执行，即使这些条款未直接写入实际合同，也可能被视为双方共同认可的内容。这通常需要通过书面协议、会议纪要、电子邮件等方式进行证明。
   • 如果双方在签订实际合同时，对招标文件合同模板中的某些条款存在异议或未达成一致意见，且这些条款未被纳入实际合同，那么这些条款通常不会被执行。因为合同是双方协商一致的结果，未达成一致的条款不具有约束力。

3. 相关法律法规的规定：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》等相关法律法规的规定，招标文件是招标活动的法律依据，对招标人和投标人均具有约束力。然而，这并不意味着招标文件中的所有条款都会自动成为实际合同的内容。实际合同的内容应当由双方根据招标文件的要求和实际情况进行协商确定。
   • 如果招标文件合同模板中的条款与实际合同中的条款存在冲突或不一致，且双方未能在签订合同时明确解决，那么在实际执行过程中，可能会引发争议。此时，法院或仲裁机构会根据相关法律法规的规定，结合双方当事人的意思表示和交易习惯等因素，对合同进行解释和裁决。

法律建议：

• 对于招标方而言，在编制招标文件时，应尽可能明确、具体地列出所有关键条款和要求，以避免后续争议。同时，在签订实际合同时，应仔细核对招标文件合同模板中的条款是否均已纳入实际合同，并确保双方对合同内容无异议。
• 对于投标方而言，在参与招标活动时，应认真阅读招标文件，了解所有条款和要求。在签订实际合同时，应与招标方就招标文件合同模板中的条款进行充分协商，确保双方对合同内容达成一致意见。
• 如果双方在签订实际合同时发现招标文件合同模板中的某些条款未被纳入或存在争议，应及时通过书面协议等方式进行明确和解决，以避免后续执行过程中的纠纷。

可能后果：

• 如果双方未能就招标文件合同模板中的条款达成一致意见，且这些条款未被纳入实际合同，那么在实际执行过程中，可能会因条款缺失或不明确而引发争议。这可能导致工程进度延误、成本增加等不利后果。
• 如果一方主张执行招标文件合同模板中的条款，而另一方拒绝执行，且双方无法通过协商解决争议，那么任何一方均有权向法院或仲裁机构提起诉讼或仲裁申请，要求对合同进行解释和裁决。这可能会增加双方的时间成本和经济成本。

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