关于两名初三学生打了一个同学，起诉后是否会留案底的问题，结论前置如下：
若案件未进入刑事程序，一般不会留案底：
- 在此类校园冲突中，如果情节较轻，未达到刑事犯罪的标准，通常只会涉及民事赔偿或行政处罚（如警告、罚款等，但针对未成年人，行政处罚往往较为谨慎）。这种情况下，不会留下刑事案底。
- 民事赔偿主要是要求打人者或其监护人赔偿受害者的医疗费、精神损失费等。行政处罚则可能由公安机关根据具体情况决定，但针对未成年人，通常会以教育、矫治为主。
若案件进入刑事程序，且被判定有罪，则会留案底：
- 如果打人行为情节严重，如造成重伤、死亡或具有其他恶劣情节，可能构成故意伤害罪等刑事犯罪。在这种情况下，案件会进入刑事程序，经过法院审理后，如果判定有罪，则会留下刑事案底。
- 刑事案底会对个人的未来产生较大影响，包括但不限于影响就业、升学、出国等。对于未成年人，虽然法律上有一定的保护措施（如犯罪记录封存制度），但案底的存在仍然可能对其心理和社会评价造成长期负面影响。
进一步分析：
- 年龄因素：初三学生通常属于未成年人，根据《中华人民共和国刑法》的规定，未成年人犯罪应当从轻或者减轻处罚。同时，对于未成年人的犯罪记录，法律有特殊的保护措施，如犯罪记录封存制度，旨在减少犯罪记录对未成年人未来的不利影响。
- 案件性质：案件是否进入刑事程序，主要取决于打人行为的严重程度。如果只是轻微的肢体冲突，未造成严重后果，通常不会构成刑事犯罪。但如果行为恶劣，造成严重伤害或死亡，则可能构成刑事犯罪。
- 法律后果：除了可能的刑事案底外，打人者还可能面临民事赔偿、行政处罚以及学校内部的纪律处分等。这些后果都会对打人者的未来产生一定影响。
建议：
- 对于受害者：如果遭受了校园暴力，应及时向家长、老师或学校报告，并寻求法律帮助。必要时，可以提起民事诉讼要求赔偿，或向公安机关报案要求处理。
- 对于打人者及其监护人：应认识到校园暴力的严重性，积极承担责任，配合学校和相关部门的处理。同时，应加强对孩子的教育和监管，防止类似事件再次发生。
- 对于学校和社会：应加强对校园暴力的预防和治理，建立健全相关机制，为学生提供一个安全、和谐的学习环境。
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