结论：二房东跑路后，租客与业主重新签订的合同是否有效，需根据具体情况判断，主要取决于原租赁合同的效力、业主是否知情并同意转租以及新合同的内容是否合法合规。以下从不同角度详细分析：
一、原租赁合同效力及转租情况
原租赁合同有效且业主同意转租：
- 若原租赁合同中明确约定了二房东有权转租，或者业主事后书面同意了转租行为，那么二房东与租客之间的转租合同是有效的。
- 在此情况下，二房东跑路后，租客与业主重新签订的合同，如果内容合法合规，且双方意思表示真实，那么该新合同是有效的。新合同将取代原转租合同，成为租客与业主之间新的租赁关系依据。
原租赁合同有效但业主不同意转租：
- 若原租赁合同中未约定转租条款，且业主事后也未同意转租，那么二房东与租客之间的转租合同可能因未经业主同意而无效。
- 在此情况下，二房东跑路后，租客与业主重新签订的合同，如果业主愿意与租客建立新的租赁关系，且新合同内容合法合规，双方意思表示真实，那么该新合同是有效的。但需注意，租客可能需就原转租合同的无效承担一定责任，如支付原二房东已收取但未转交给业主的租金等。
原租赁合同无效或已终止：
- 若原租赁合同因各种原因（如合同到期、被撤销、被宣告无效等）已终止或无效，那么二房东与租客之间的转租合同也自然无效。
- 在此情况下，租客与业主重新签订的合同，只要内容合法合规，双方意思表示真实，就是有效的。新合同将作为双方新的租赁关系依据。
二、新合同内容合法性及双方意思表示
新合同内容合法合规：
- 新合同必须遵守国家法律法规的规定，不得含有违法条款。例如，租金、租期、押金等条款必须合理合法，不得违反相关法律法规的强制性规定。
双方意思表示真实：
- 租客与业主在签订新合同时，必须确保双方的意思表示真实、自愿。不得存在欺诈、胁迫等情形，否则新合同可能因意思表示不真实而被撤销或宣告无效。
三、实际操作建议
核实原租赁合同及转租情况：
- 在与业主重新签订合同前，租客应核实原租赁合同的效力及转租情况。可以要求业主提供原租赁合同及同意转租的书面证明，以确保自己的权益不受损害。
仔细审查新合同条款：
- 租客在签订新合同时，应仔细审查合同条款，确保内容合法合规、明确具体。特别是关于租金、租期、押金、维修责任等关键条款，应与业主进行充分协商并明确约定。
保留相关证据：
- 租客在与业主重新签订合同的过程中，应保留好相关证据，如原租赁合同、转租合同（如有）、业主同意转租的书面证明、新合同文本等。这些证据在后续可能发生的纠纷中将起到重要作用。
总结来说，二房东跑路后，租客与业主重新签订的合同是否有效，需根据原租赁合同的效力、业主是否知情并同意转租以及新合同的内容是否合法合规等因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。