基本农田在三轮承包后，是允许流转的，但流转需遵循严格的法律程序和限制条件。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律背景与规定
《农村土地承包法》的相关规定：
- 根据《农村土地承包法》，农村土地承包经营权可以依法采取转包、出租、互换、转让或者其他方式流转。这为基本农田的流转提供了法律基础。
- 但同时，该法也明确规定了基本农田的流转需受到严格限制，以确保国家粮食安全和农业可持续发展。
基本农田的特殊保护：
- 基本农田是依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地，受到国家法律的特殊保护。
- 流转基本农田必须符合土地利用总体规划和土地承包经营权流转的相关规定，不得改变土地用途，不得破坏农业综合生产能力和农业生态环境。
二、流转的条件与程序
流转条件：
- 流转方必须具有稳定的非农职业或者有稳定的收入来源，且流转期限不得超过承包期的剩余期限。
- 流转的基本农田必须用于农业生产，不得用于非农建设。
- 流转双方应当签订书面流转合同，明确双方的权利和义务。
流转程序：
- 流转双方需向发包方（通常是农村集体经济组织或村民委员会）提出书面申请，并提交流转合同等相关材料。
- 发包方应当对流转申请进行审查，符合条件的，应当予以批准，并报乡（镇）人民政府农村土地承包管理部门备案。
- 流转合同生效后，流转双方应当按照合同约定履行义务，享受权利。
三、可能的法律后果与风险提示
违法流转的法律后果：
- 如果未经批准擅自流转基本农田，或者改变土地用途进行非农建设，将面临法律制裁，包括责令改正、没收违法所得、罚款等。
- 严重的，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
风险提示：
- 在流转基本农田时，务必确保流转程序合法合规，避免因程序瑕疵导致流转无效或面临法律风险。
- 流转双方应当充分了解流转合同的内容，明确各自的权利和义务，避免因合同条款不清而产生纠纷。
四、实际操作建议
咨询当地农村土地承包管理部门：
- 在流转基本农田前，建议咨询当地农村土地承包管理部门，了解具体的流转政策和程序要求。
寻求专业法律帮助：
- 如果对流转合同的内容或流转程序有疑问，可以寻求专业律师的帮助，确保流转合法合规。
总结来说，基本农田在三轮承包后是允许流转的，但必须遵循严格的法律程序和限制条件。在流转过程中，务必确保流转合法合规，避免因违法流转而面临法律风险。如果你有任何关于农村土地或宅基地的法律问题，都可以直接向我咨询。