结论前置：正式工厂里的员工自离，仍然是有工资的，但具体工资发放情况可能因公司规定和实际情况而有所不同。以下是对此问题的详细分析：

一、自离后工资的计算与发放原则

1. 按实际出勤结算：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。因此，自离员工有权按实际工作天数获得相应报酬，这包括基本工资、绩效奖金及加班费等已产生的收入。

2. 扣除合理费用需合规：

   • 用人单位在支付工资时，可以依法扣除一些合理费用，如未结工作交接造成的损失、培训违约金（在约定范围内）等。但这些扣除必须符合法定条件，并且用人单位需要提供相应的证据来支撑其扣除行为。未经协商的罚款、押金等扣费行为均属违法，员工有权拒绝。

3. 工资支付形式规范：

   • 工资应以货币形式直接支付给劳动者本人，禁止通过实物或有价证券替代。银行转账记录、现金签收单等凭证是确认支付完成的关键依据。

二、自离对工资发放的潜在影响及应对

1. 工资延迟发放风险：

   • 部分企业可能以“未完成离职手续”为由暂缓发放工资。但根据法律规定，该期限不得超过一个工资支付周期。若超期未付，劳动者有权通过劳动仲裁主张双倍工资差额。因此，员工在自离后，应关注工资的发放情况，并及时与用人单位沟通，确保工资按时足额支付。

2. 经济损失赔偿争议：

   • 未提前通知离职可能导致企业遭受临时用工成本增加、项目延误等损失。此类赔偿金额需经司法程序认定，通常不超过劳动者月工资的20%。员工在自离时，应尽量与用人单位协商好离职事宜，以减少不必要的经济损失和赔偿争议。

3. 社保公积金处理差异：

   • 自离当月社保公积金可能因未及时减员产生个人承担部分费用，具体由地方政策决定。建议离职前与企业确认费用缴纳截止时间，避免后续补缴纠纷。员工在自离前，应了解清楚自己的社保公积金缴纳情况，并与用人单位协商好后续的处理方式。

三、维权途径与建议

若用人单位以自离为由拒不支付工资或存在其他违法行为，员工可以采取以下途径维护自身权益：

1. 与用人单位协商：首先尝试与单位相关负责人进行沟通，明确表达要求支付工资的意愿，并寻求和解。

2. 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动监察大队提交投诉，由其对用人单位进行调查并责令支付工资。

3. 申请劳动仲裁：如劳动监察部门未能解决问题，员工可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付工资及可能的经济补偿。注意，申请仲裁的时效期间为一年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。

4. 提起诉讼：对仲裁结果不满的员工，可在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

总结：正式工厂里的员工自离后，仍然有权获得其已工作期间的工资。但具体工资发放情况可能因公司规定和实际情况而有所不同。员工在自离前，应了解清楚自己的权益和义务，并与用人单位协商好离职事宜。若遭遇拒付或争议，员工应依法通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。