在非机动车负主要责任、机动车负次要责任，且赔偿金额在2000元以内的情况下，赔偿方式主要依据事故责任比例来确定。以下是具体分析：

1. 责任比例划分：

   • 通常情况下，非机动车与机动车之间的事故责任划分会依据具体交通法规及事故现场情况来确定。假设在此案例中，非机动车被认定为主要责任，机动车为次要责任，那么赔偿比例可能会按照非机动车70%、机动车30%的比例来划分（具体比例可能因地区和具体案情有所不同，此处仅为示例）。

2. 赔偿金额计算：

   • 假设总损失为2000元（或低于2000元，以实际损失为准），则非机动车方应承担的赔偿金额为总损失的70%，即1400元；机动车方应承担的赔偿金额为总损失的30%，即600元。
   • 如果非机动车方也有损失，且该损失也包含在这2000元以内，那么需要先确定非机动车方的总损失，再按照责任比例进行分摊。例如，如果非机动车方损失为1500元，机动车方损失为500元，总损失为2000元，则非机动车方应自行承担1050元（1500元的70%），机动车方应承担450元（1500元的30%）中的部分，同时非机动车方还需承担机动车方损失的70%，即350元。但在这个特定情况下，由于总损失未超过2000元，且我们假设这是双方的总损失额，实际操作中可能会根据双方具体损失情况调整赔偿方式，可能更倾向于各自承担自己的部分损失后，再按责任比例分担剩余损失或相互抵销。不过，在大多数简单事故中，若损失不大，可能会直接按责任比例计算各自应支付的金额。

3. 实际赔偿流程：

   • 在实际操作中，双方可能会通过保险公司进行理赔。非机动车方如果购买了相关保险（如非机动车第三者责任险），可以由保险公司承担其应赔偿的部分。
   • 机动车方则通过其交强险或商业险来承担赔偿。在交强险范围内，机动车方通常需要先行赔付，不足部分再按照责任比例分担。
   • 如果双方损失都不大，且责任明确，也可能直接私下协商解决，无需通过保险公司。

4. 特殊情况考虑：

   • 如果非机动车方没有保险，或者保险不足以覆盖其应赔偿的金额，那么非机动车方需要自行承担剩余部分的赔偿。
   • 如果机动车方对非机动车方的损失有先行垫付的情况，那么在最终赔偿时，这部分垫付金额应予以扣除。

总结：在非机动车负主要责任、机动车负次要责任，且赔偿金额在2000元以内的情况下，赔偿方式主要是按照责任比例来划分双方应承担的赔偿金额。具体比例可能因地区和案情而异，但通常非机动车方会承担较大比例的责任。在实际操作中，双方应首先确定总损失金额，然后按照责任比例进行分摊，并通过保险公司或私下协商来完成赔偿。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。