结论前置：工商保险（这里推测您想问的是工伤保险）缴费基数提高后从职工工资中扣除缴纳，在符合法定条件和程序的情况下是合法的。以下为您详细分析：
工伤保险缴费基数确定原则
- 工伤保险缴费基数一般是按照职工上一年度月平均工资来确定。当职工工资水平发生变化，比如工资增长等情况，按照规定缴费基数也应当相应调整提高。这是基于保障职工在发生工伤时能够获得合理、足够的工伤保险待遇，因为工伤保险待遇的计发与缴费基数密切相关。例如，一次性伤残补助金等就是按照本人工资（缴费基数相关）的一定月数计发。
- 同时，缴费基数也有上下限规定。下限一般不低于当地职工月平均工资的60%，上限不高于当地职工月平均工资的300%。这是为了平衡企业和职工的负担，防止缴费基数过高或过低对工伤保险基金和职工权益造成不合理影响。
从职工工资中扣除缴纳的合法性条件
- 依法代扣代缴：根据《社会保险法》等相关法律法规规定，用人单位有义务为职工缴纳工伤保险费，并且可以从职工工资中代扣代缴职工个人应缴纳的部分。当缴费基数提高后，只要用人单位是按照新的合法缴费基数计算职工个人应缴纳的工伤保险费，并依法进行代扣代缴，就是合法的。
- 不超过法定比例：职工个人缴纳工伤保险费的比例是按照国家规定执行的，不同地区可能会有细微差异，但总体比例较低。用人单位代扣代缴的金额不能超过职工工资乘以法定个人缴费比例的数额。例如，某地区规定职工个人工伤保险缴费比例为0.5%，职工月工资为5000元，那么每月最多只能从职工工资中扣除25元作为工伤保险费。如果用人单位按照提高后的缴费基数计算扣除金额，但扣除比例仍在法定范围内，就是合法的；反之，如果超过法定比例扣除，则属于违法行为。
- 保障职工知情权：用人单位在调整缴费基数并从职工工资中扣除相应费用时，应当及时告知职工。告知内容可以包括缴费基数调整的原因、新的缴费基数数额、职工个人应缴纳的金额等信息。这样可以让职工清楚了解自己的工资扣除情况，保障职工的知情权和监督权。如果用人单位未履行告知义务，可能会引发劳动纠纷。
用人单位违法扣除的情况及后果
- 违法情形：如果用人单位未经职工同意，擅自提高缴费基数并超额扣除职工工资；或者不按照法定程序调整缴费基数，例如未根据职工实际工资变化情况随意调整；以及不告知职工缴费基数调整和工资扣除情况等，都属于违法行为。
- 法律后果：职工有权向用人单位提出异议，要求用人单位纠正违法行为，返还多扣除的工资。如果用人单位拒不改正，职工可以向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门会依法对用人单位进行查处，责令用人单位限期整改，退还多扣除的工资，并可能对用人单位处以罚款等行政处罚。同时，职工还可以通过申请劳动仲裁等法律途径维护自己的合法权益。
温馨提示：如果您遇到用人单位在工伤保险缴费基数调整和工资扣除方面存在不合理或违法行为，您可以随时向我咨询，我会为您提供详细的法律建议和解决方案。