股东合作协议并不等同于公司章程，也不必然需要放在公司章程中，是否需要同时制定这两个文件，取决于具体的合作形式和法律要求。以下是对这一问题的详细分析：
一、股东合作协议与公司章程的性质与作用
股东合作协议：
- 是股东之间就入股事宜达成的内部约定，它详细规定了股东之间的权利和义务、出资方式、出资额、利润分配等具体内容。
- 侧重于保护股东间的合作关系，是“私法”上的约定，主要约束签订协议的各方当事人。
公司章程：
- 是公司的基本运营规则，相当于公司的“宪法”。它规定了公司的组织机构设置及其职责、股东的权利和义务等内容。
- 对公司、股东、董事、监事及高级管理人员均具有法律约束力，是公司设立的必备文件之一。
二、不同情形下的具体要求
设立新公司时：
- 根据《中华人民共和国公司法》的规定，设立公司必须依法制定公司章程。公司章程是公司设立的法定文件，对全体股东及公司机构具有约束力。
- 同时，为了明确股东间的具体合作细节，如出资方式、股权比例等，股东之间可以签订股东合作协议作为补充。但这份协议并不需要放在公司章程中，而是作为股东之间的内部约定存在。
向已成立的公司入股时：
- 新股东通过签订股东合作协议来明确与原股东之间的权利义务关系，如股权转让价格、付款方式等。
- 通常不需要重新制定公司章程，但可能需要对现有章程进行修改，将新股东的相关信息纳入其中，并按照法定程序办理章程变更登记手续。股东合作协议依然作为股东之间的内部约定，不纳入公司章程。
非公司制合作时（如合伙企业或个人独资经营）：
- 不存在公司章程的概念，只需签订股东合作协议（或更准确地说是合作协议）来明确各方的权利义务。
- 合作协议应尽量详细，以避免未来可能出现的纠纷。
三、法律建议
- 明确区分：股东合作协议与公司章程在性质、作用和适用范围上存在明显差异，应明确区分并分别制定。
- 合法合规：在制定股东合作协议和公司章程时，应确保内容合法合规，不违反法律法规的强制性规定。
- 专业咨询：由于涉及复杂的法律关系和利益分配问题，建议在制定这些文件时咨询专业律师的意见，以确保文件的合法性和有效性。
总结来说，股东合作协议并不需要放在公司章程中，它们各自具有独立的法律地位和作用。在入股合作中，应根据具体的合作形式和法律要求来制定相应的文件，并确保内容的合法性和有效性。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。