运送他人偷越国边境被判刑两年，一般情况下不适用案件封存制度。以下是对此问题的详细分析：

一、案件封存制度的基本概念

案件封存制度，通常指的是对特定类型的刑事案件，在符合一定条件的情况下，对案件的相关信息进行保密处理，不对外公开。这一制度旨在保护未成年人的隐私和名誉，促进其顺利回归社会，同时也体现了对特定犯罪情节较轻、社会危害性不大的犯罪嫌疑人的宽大处理。

二、运送他人偷越国边境罪的法律性质

运送他人偷越国边境罪，是指违反国（边）境管理法规，非法运送他人偷越国（边）境的行为。这一犯罪行为侵犯了国家的国（边）境管理秩序，具有一定的社会危害性。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，运送他人偷越国边境的，处五年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；有下列情形之一的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金：（一）多次实施运送行为或者运送人数众多的；（二）所使用的船只、车辆等交通工具不具备必要的安全条件，足以造成严重后果的；（三）违法所得数额巨大的；（四）有其他特别严重情节的。

三、案件封存制度的适用条件

案件封存制度通常适用于未成年人犯罪案件，且需满足以下条件：

1. 犯罪主体为未成年人：即犯罪时年龄未满十八周岁。
2. 犯罪情节较轻：通常指的是犯罪行为的社会危害性不大，且犯罪嫌疑人认罪态度较好，有悔罪表现。
3. 符合其他法定条件：如可能判处五年有期徒刑以下刑罚等。

四、运送他人偷越国边境被判刑两年不适用案件封存的原因

1. 犯罪主体可能非未成年人：如果运送他人偷越国边境的犯罪嫌疑人不是未成年人，那么显然不符合案件封存制度的适用条件。
2. 犯罪情节可能不轻：尽管被判刑两年，但运送他人偷越国边境的行为本身具有一定的社会危害性，且可能涉及多次运送、运送人数众多等情节，因此不能简单地认为犯罪情节较轻。
3. 缺乏特定法定条件：案件封存制度需要满足一系列法定条件，而运送他人偷越国边境被判刑两年并不必然满足这些条件。

五、特殊情况下的考虑

当然，也存在一些特殊情况。例如，如果运送他人偷越国边境的犯罪嫌疑人确实是未成年人，且犯罪情节较轻，符合案件封存制度的其他适用条件，那么理论上是有可能适用案件封存制度的。但这种情况需要具体案件具体分析，且需要由司法机关根据相关法律法规和司法解释进行综合判断。

总结来说，运送他人偷越国边境被判刑两年，在一般情况下是不适用案件封存制度的。如果对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。