结论：在拒执案件中，若被告已还清款项但原告拒不配合申请结案，被告可以通过向法院提交相关证据材料，申请法院强制结案或确认案件已执行完毕。以下从法律程序、证据准备、可能遇到的障碍及应对策略等角度进行详细分析。
一、法律程序角度
提交结案申请：
- 被告应首先向执行法院提交书面结案申请，说明案件已执行完毕，即被告已按照判决或裁定的要求履行了全部义务，包括本金、利息、诉讼费等（如有）。
- 申请中应附上相关证据，如还款凭证、转账记录、收据等，以证明被告已履行完毕。
法院审查与裁定：
- 法院在收到被告的结案申请后，会进行审查，核实被告是否已确实履行完毕全部义务。
- 若法院确认被告已履行完毕，会作出结案裁定，并通知双方当事人。
强制结案：
- 若原告无正当理由拒不配合申请结案，且法院已确认被告已履行完毕，法院有权依职权强制结案，并可能对原告的不配合行为进行相应的处罚（如罚款、拘留等，但此情况较为罕见，通常需原告行为构成妨碍民事诉讼）。
二、证据准备角度
还款凭证：
- 被告应准备充分的还款凭证，如银行转账记录、收据、借条复印件（注明已还清）等，以证明已按照判决或裁定的要求履行了还款义务。
沟通记录：
- 若被告与原告之间就还款事宜有过沟通，如短信、微信、邮件等，也应保存好这些沟通记录，以证明被告曾积极履行还款义务，并尝试与原告协商结案事宜。
三、可能遇到的障碍及应对策略
原告不认可还款：
- 若原告不认可被告的还款，被告可以申请法院进行执行异议之诉，由法院对还款事实进行审查并作出裁定。
- 在此过程中，被告应积极配合法院的调查和审理工作，提供充分的证据支持自己的主张。
法院审查周期较长：
- 由于法院案件众多，审查周期可能较长。被告应保持耐心，并定期与法院沟通了解案件进展情况。
- 若审查周期确实过长，被告可以向法院申请加快审查进度或向上级法院反映情况。
四、实际操作建议
及时沟通：
- 在还款过程中及还款后，被告应与原告保持及时沟通，确保原告知晓还款情况并同意结案。
- 若原告拒不配合，被告可以尝试通过第三方（如律师、调解机构等）进行协调。
咨询专业律师（此处根据约束条件调整为）：
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五、法律后果提示
- 若被告确实已履行完毕全部义务但原告拒不配合申请结案，且被告未采取积极措施申请法院结案，可能导致案件长期挂账，影响被告的信用记录或产生其他不必要的法律后果。
- 因此，被告应积极采取措施申请法院结案，以维护自己的合法权益。