夫妻在公司实际控制人的认定，需结合公司法及相关司法解释，从股权结构、表决权控制、协议安排、实际经营决策权等多个维度综合判断。具体分析如下：

1. 股权结构与表决权控制
   根据《公司法》第216条，实际控制人指“虽不是公司股东，但通过投资关系、协议或者其他安排，能够实际支配公司行为的人”。若夫妻双方通过直接或间接持股（如通过家族信托、控股公司等）合计持有公司50%以上股权，或虽未达50%但通过表决权委托、一致行动协议等方式实际控制股东会表决权，可认定为实际控制人。例如，夫妻一方持股30%，另一方通过协议控制其他股东20%表决权，合计控制50%以上表决权，即符合认定条件。

2. 协议安排与特殊权利设计
   若夫妻通过签署《一致行动协议》《表决权委托协议》等文件，明确约定一方在股东会、董事会决策中需遵循另一方意见，或直接将表决权委托给另一方行使，即使股权登记在双方名下，实际控制权仍可能归属于协议约定方。此外，若公司章程或股东协议中赋予夫妻某一方对重大事项（如合并、分立、增资等）的一票否决权，亦可作为认定实际控制人的依据。

3. 实际经营决策权与影响力
   实际控制人的认定不仅依赖股权或协议，还需考察对公司的实际经营管理权。若夫妻一方担任公司董事长、总经理等核心职务，或通过人事安排、财务控制、业务资源调配等方式实际支配公司运营，即使未直接持股或持股比例较低，仍可能被认定为实际控制人。例如，夫妻一方虽仅持股10%，但长期负责公司日常经营，另一方不参与管理，此时前者更可能被认定为实际控制人。

4. 夫妻共同控制与特殊情形
   若夫妻双方通过上述方式共同控制公司（如共同持股、共同签署协议、共同参与经营），且无明确证据表明控制权集中于一方，则可能被认定为“夫妻共同实际控制人”。但需注意，若夫妻离婚导致股权分割或控制权争议，公司实际控制人可能发生变更，需根据离婚协议或法院判决重新认定。

建议：若涉及夫妻实际控制人认定争议（如股权纠纷、公司治理纠纷等），需结合具体证据（如股权结构图、协议文本、会议决议、经营记录等）综合分析。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案例为您提供详细解答。