结论前置：有限责任公司股东会议事规则中，可以约定持有5%股份的股东有权请求召开临时股东会，但这一约定需符合公司章程及相关法律法规的规定。

详细分析：

1. 公司章程的自治性：

   • 根据《公司法》及相关法律法规，公司章程是公司内部的“宪法”，具有最高的法律效力。公司章程可以规定股东会的职权、召开程序、议事规则等事项。
   • 因此，在公司章程中约定持有一定比例股份的股东（如5%）有权请求召开临时股东会，是公司自治权的体现，只要该约定不违反法律法规的强制性规定，就是有效的。

2. 法律法规的强制性规定：

   • 虽然公司章程具有自治性，但也不能违反法律法规的强制性规定。例如，《公司法》中规定了股东会、董事会的职权和召开程序等基本框架，公司章程不能对这些基本框架进行根本性的改变。
   • 在股东请求召开临时股东会方面，《公司法》通常规定了代表一定比例表决权的股东可以提议召开临时股东会（如十分之一以上表决权的股东）。但这一规定并不排除公司章程通过更高或更低的比例来约定股东请求召开临时股东会的权利，只要该约定不损害其他股东的合法权益和公司的整体利益。

3. 实践中的操作建议：

   • 如果公司希望在公司章程中约定持有5%股份的股东有权请求召开临时股东会，应当确保该约定明确、具体，并符合公司章程的制定和修改程序。
   • 同时，公司应当考虑该约定可能带来的实际影响，如是否会导致股东会频繁召开、是否会影响公司的决策效率等，并据此进行合理的平衡和调整。

4. 可能的法律后果：

   • 如果公司章程中的约定违反了法律法规的强制性规定，或者损害了其他股东的合法权益和公司的整体利益，那么该约定可能被认定为无效。
   • 在这种情况下，股东可能无法依据公司章程中的无效约定来请求召开临时股东会，而需要依据《公司法》的相关规定来行使权利。

进一步思考：

• 在制定或修改公司章程时，公司应当充分考虑股东的利益平衡和公司的长远发展，确保公司章程的约定既符合法律法规的规定，又能够满足公司的实际需求。
• 如果股东对公司章程中的约定有异议或疑问，可以及时向公司提出并寻求解决方案。如果无法达成一致意见，股东还可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。

总结：有限责任公司股东会议事规则中可以约定持有5%股份的股东有权请求召开临时股东会，但这一约定需符合公司章程及相关法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。