公司认定员工失联后，是可以根据相关规定和程序进行申报的，但具体申报方式和后果需根据失联的具体情况、公司规章制度以及相关法律法规来确定。以下从不同角度为你详细分析：
一、公司内部处理流程
初步调查与确认：
- 当公司发现员工失联时，首先应进行初步调查，确认员工是否确实处于失联状态，包括尝试通过电话、邮件、短信等多种方式联系员工，并询问其同事、家属或紧急联系人了解情况。
依据公司规章制度处理：
- 如果公司规章制度中有关于员工失联的处理规定，如规定失联达到一定时间视为自动离职或旷工等，公司可以依据这些规定进行处理。但需注意，公司规章制度必须合法合规，且已向员工公示或告知，否则可能无法作为处理依据。
申报与记录：
- 在确认员工失联后，公司可以在内部进行申报和记录，包括记录失联时间、尝试联系的方式和结果等，以备后续处理或法律纠纷时使用。
二、法律后果与申报
劳动关系处理：
- 如果员工失联且无法联系上，公司不能直接单方面解除劳动合同，而应先通过合法程序进行通知和催告。若员工在合理期限内仍未返回工作岗位或联系公司，公司可以依据《劳动合同法》的相关规定，以员工严重违反公司规章制度或旷工为由解除劳动合同。在此过程中，公司可能需要向劳动行政部门或相关机构进行申报或备案。
社保与公积金处理：
- 在员工失联期间，公司仍需为其缴纳社保和公积金（如果合同未解除）。但如果公司决定解除劳动合同，则应在解除后及时办理社保和公积金的停缴手续，并可能需要进行相关申报。
可能的法律责任：
- 如果公司在处理员工失联问题时违反了相关法律法规或公司规章制度，如未经合法程序单方面解除劳动合同、未按时缴纳社保和公积金等，公司可能面临法律责任，包括支付经济补偿金、赔偿金等。因此，公司在处理此类问题时需谨慎行事，并确保所有操作都符合法律法规和公司规章制度的要求。
三、实际操作建议
完善公司规章制度：
- 公司应制定完善的规章制度，明确员工失联的处理流程和后果，以确保在处理此类问题时有所依据。
保留证据：
- 在处理员工失联问题时，公司应保留所有相关证据，如联系记录、催告通知、解除劳动合同的决定等，以备后续法律纠纷时使用。
咨询专业律师：
- 由于每个案件的具体情况都不同，且涉及复杂的法律法规和程序要求，因此公司在处理员工失联问题时最好咨询专业律师的意见，以确保所有操作都合法合规。不过，在这里你已经直接向我咨询了，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。
总结来说，公司认定员工失联后是可以根据相关规定和程序进行申报的，但具体申报方式和后果需根据失联的具体情况、公司规章制度以及相关法律法规来确定。公司在处理此类问题时需谨慎行事，并确保所有操作都符合法律法规和公司规章制度的要求。如果你有更具体的情况或问题，欢迎直接向我咨询。