违法占用耕地全部覆土复垦后，处罚面积的计算需结合复垦效果、是否恢复原种植条件以及是否消除违法状态等因素综合判断，具体分为以下两种情形：
1. 复垦达标且消除违法状态：处罚面积可能按“零”计算
根据《土地管理法》第七十七条及《土地管理法实施条例》第五十七条，违法占用耕地的处罚核心是“破坏耕地种植条件”的行为。若复垦后：
- 土壤质量、地形地貌、灌溉排水等条件恢复至可耕种状态（需经自然资源部门或农业部门验收确认）；
- 未造成永久性损害（如硬化地面、建筑垃圾填埋等不可逆破坏）；
- 违法状态已完全消除（如拆除地上建筑物、恢复耕作层）。
结论：此时可能不再对原占用面积进行处罚，但需注意：
- 复垦验收是关键，若未通过验收，仍需按原占用面积处罚；
- 即使复垦达标，若占用行为本身涉及其他违法（如未批先建），仍可能面临其他行政处罚（如罚款、没收建筑物等）。
2. 复垦不达标或未消除违法状态：处罚面积按实际占用面积计算
若复垦存在以下情形：
- 未恢复种植条件（如仅覆盖薄土、未清理建筑垃圾）；
- 部分区域无法耕种（如占用基本农田且复垦后产能下降）；
- 未完全拆除违法建筑（如残留地基、硬化路面）。
结论：处罚面积按实际违法占用面积计算，并可能面临：
- 罚款：按占用耕地面积处每平方米100元以上1000元以下罚款（《土地管理法实施条例》第五十七条）；
- 限期改正：要求继续复垦至达标；
- 刑事责任：若占用基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上，可能涉嫌非法占用农用地罪（《刑法》第三百四十二条）。
关键提醒
- 复垦验收程序：需由县级以上自然资源部门会同农业部门组织验收，出具书面结论；
- 证据固定：复垦前后需通过拍照、测绘、土壤检测等方式固定证据，避免纠纷；
- 主动整改优惠：若在行政处罚决定作出前主动复垦并达标，可能从轻或减轻处罚（《行政处罚法》第三十二条）。
建议：若涉及具体案件，可提供复垦验收报告、占用面积测绘图等材料，进一步分析处罚合理性及应对策略。